<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi Jastin<br>My pdb2gmx command line is <br>pdb2gmx -ignh -f xx.pdb -o xxout.pdb -p xx.top -water spce<br><br>When I created the topology it did not create a bond between those two residues (between which the part is missing).<br><br>Thanks for your suggestion.<br>Abhik<br><br><div><div><div><font size="3" face="system"><strong>Abhik Mukhopadhyay<br> </strong></font></div><font size="3"><font size="3"><font size="2"><span style="font-weight: bold;"> Departamento Química / Faculdade de Ciências e Tecnologia </span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;"> Universidade Nova de Lisboa , 2829-516 Caparica, Portugal </span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;"></span></font></font><br>Mob. 00351912991251<br></font><font size="3"> <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://xtal.dq.fct.unl.pt/">
 http://xtal.dq.fct.unl.pt/</a><br></font><br></div></div><br><br>--- On <b>Thu, 3/12/09, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] problem in energy minimization<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Thursday, March 12, 2009, 7:54 PM<br><br><pre><br>Abhik Mukhopadhyay wrote:<br>&gt; Hi everyone,<br>&gt; I am trying to run a simulation on a xray structure that has 15 residues<br>missing. I have made the topology file accordingly. But after energy<br>minimization, the residues between which the portion is missing, got connected.<br>I tried an energy minimization with all-bonds constraint, but that i guess did<br>not do it properly.<br>&gt; This is the last part of the minimization run<br>&gt; <br><br>When you created the
 topology, did pdb2gmx add a bond between the residues<br>flanking the missing residues?  What was your pdb2gmx command line?<br><br>If you are sure that the missing residues will not influence the dynamics<br>(think carefully!), then read in the manual about distance restraints.  If you<br>have difficulties implementing these restraints, there are dozens of posts in<br>the list archive that should guide you in how to use them.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Stepsize too small, or no change in energy.<br>&gt; Converged to machine precision,<br>&gt; but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<br>&gt; <br>&gt; Double precision normally gives you higher accuracy.<br>&gt; You might need to increase your constraint accuracy, or turn<br>&gt; off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)<br>&gt; <br>&gt; writing lowest energy coordinates.<br>&gt; <br>&gt; Back Off! I just backed up ccpox_em.trr to ./#ccpox_em.trr.1#<br>&gt; <br>&gt; Back
 Off! I just backed up ccpox_b4pr.pdb to ./#ccpox_b4pr.pdb.1#<br>&gt; <br>&gt; Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,<br>&gt; but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<br>&gt; Potential Energy  = -2.2785961e+05<br>&gt; Maximum force     =  5.1547680e+08 on atom 1004<br>&gt; Norm of force     =  8.2600877e+08<br>&gt; <br>&gt; My question is how can I run a simulation on these structure keeping that<br>part as it is?<br>&gt; <br>&gt; Thanking you in advance.<br>&gt; Abhik<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;  <br>&gt; *Abhik Mukhopadhyay<br>&gt; *<br>&gt; Departamento Química / Faculdade de Ciências e Tecnologia<br>&gt; Universidade Nova de Lisboa , 2829-516 Caparica, Portugal<br>&gt; <br>&gt; Mob. 00351912991251<br>&gt; http://xtal.dq.fct.unl.pt/<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt;
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