I created a new ffoplsaa.rtp entry for ASN with a polysacharide attached to the side chain nitrogen called ASBG. I want to test the new residue by itself.<div><br></div><div>When I pdb2gmx it I get the following error.</div>
<div><br></div><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program pdb2gmx, VERSION 4.0.3</div><div>Source code file: pgutil.c, line: 87</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>Atom N not found in residue 1094904186 while adding improper</div>
<div><br></div><div>-------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>If I comment out </div><div><br></div><div><div> CA    +N     C     O     improper_O_C_X_Y</div><div><br></div><div>Then pdb2gmx creates the gro and top with no error messages.</div>
<div><br></div><div>I saw an much earlier post by Justin with a similar error message but no resolution. Anyone have anythoughts?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ilya</div><div><br></div></div><div>
<br></div><div><br></div></div><div><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br><br>
</div>