Hello<br><br>I am trying to restrain water along the bilayer normal. For this;<br><br>1.  I made a posre_solvent.itp using genpr. It look like this:<br><br>; position restraints for Solvent<br><br>[ position_restraints ]<br>
;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>34083    1          0          0       1000<br>34084    1          0          0       1000<br>34085    1          0          0       1000<br>... (there are ~ 60,000 water molecules)<br>
<br>2. I include this file in my topology file using:<br><br>#ifdef POSRES_SOLVENT<br>#include posre_solvent.itp<br>#endif<br><br>3. And finally, the mdp file looks like:<br>..<br>define              =   -DFLEX_SPC -DPOSRES_SOLVENT<br>
..<br clear="all"><br>Why do I get a segmentation fault on running grompp? <br><br>Thank u for helping<br><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>