<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I don't think orientation is an issue.<br><br>I guess the numbers could be correct.<br>g_dipoles subtracts the net charge of a molecules at its center of mass.<br>If your charge a located somewhat to one side of the molecule,<br>this could result in a quite large dipole.<br><br>But different definitions are possible for the dipole of a charged molecule.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 17 Mar 2009 10:44:47 -0400<br>Subject: Re: [gmx-users] g_dipoles<br>From: rams.crux@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>Dear David,<br><br>The peptide is having a -ve charge of 3. Though the components might dependent upon the orientation but the average might be the same irrespective of the orientation I suppose.<br><br>Ram.<br><br><div class="EC_gmail_quote">
On Tue, Mar 17, 2009 at 3:54 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5">rams rams wrote:<br>
<blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">
Dear Users,<br>
<br>
I am trying to obtain the dipole moment of a 40 amino acid residue peptide using g_dipoles. I am getting a huge number (about 700 Debye). I expect it to be around 150 Debye (based on other studies). To make sure it I extracted a shapshot of the structure and obtained the dipolemoment using the following command:<br>

<br>
g_dipoles -f ab42_1.0_30ns.pdb -s MD_ab42.tpr -o Mtot.xvg &nbsp;-n prot_dip.ndx<br>
<br>
I am giving the last few lines of the output below:<br>
<br>
Dipole moment (Debye)<br>
---------------------<br>
Average &nbsp;= 516.7213 &nbsp;Std. Dev. = &nbsp; 0.0000 &nbsp;Error = &nbsp; 0.0000<br>
<br>
The following averages for the complete trajectory have been calculated:<br>
<br>
&nbsp;Total &lt; M_x &gt; = -54.3459 Debye<br>
&nbsp;Total &lt; M_y &gt; = 12.8373 Debye<br>
&nbsp;Total &lt; M_z &gt; = 513.695 Debye<br>
<br>
&nbsp;Total &lt; M_x^2 &gt; = 2953.47 Debye^2<br>
&nbsp;Total &lt; M_y^2 &gt; = 164.796 Debye^2<br>
&nbsp;Total &lt; M_z^2 &gt; = 263883 Debye^2<br>
<br>
&nbsp;Total &lt; |M|^2 &gt; = 267001 Debye^2<br>
&nbsp;Total &lt; |M| &gt;^2 = 267001 Debye^2<br>
<br>
&nbsp;&lt; |M|^2 &gt; - &lt; |M| &gt;^2 = 0 Debye^2<br>
<br>
Finite system Kirkwood g factor G_k = 0<br>
Infinite system Kirkwood g factor g_k = 0<br>
<br>
Epsilon = 1<br>
<br>
The same structure (i.e., what i have used in the above command) if I open and check for the dipole moment using YASARA suite of program it is showing as 173 Debye. Which is reasonable. Am I making any mistake while obtaining the dipole moment using g_dipoles or I am looking at the wrong file ??<br>

</blockquote>
<br></div></div>
Is the peptide neutral? Otherwise the result might be orientation dependent.<br>
<br>
<br>
<blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">
<br>
Thanks.<br>
<br>
Ram.<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a> &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>

_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>