Hi All,<div><br></div><div>I am trying to get pdb2gmx -vsite h to work for a sugar attached to my protein. I am using non standard atom names to differntiate from the OPLS atom names.  I have gone through the manual a few times and I don&#39;t understand the relationship between the files. The ffoplsaa.ddb has bonds between heavy atoms and not hydrogens. Why?  </div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ilya</div><div><br clear="all"><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br><br>
</div>