<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML xmlns:o = "urn:schemas-microsoft-com:office:office"><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<META content="MSHTML 6.00.6000.16809" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=816203602-19032009><FONT face=Arial 
color=#0000ff size=2>No, the molecule has not gone out the side of the box and 
not entered the other side.&nbsp; If you check the solvent on the opposite side 
of the box, you will notice that there is a big hole that exactly matches up 
with the DNA fragment that is sticking out.&nbsp; Use the pbc options in VMD to 
display neighbouring images of the box, that will make it much more explicit 
what is going on.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=816203602-19032009><FONT face=Arial 
color=#0000ff size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=816203602-19032009><FONT face=Arial 
color=#0000ff size=2>Unless otherwise noted, the analsysis programs and 
intelligent enough to realise where things are located.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=816203602-19032009><FONT face=Arial 
color=#0000ff size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=816203602-19032009><FONT face=Arial 
color=#0000ff size=2>Remember, with a periodic box, all things are 
relative.&nbsp; The location of the boundaries of the base unit&nbsp;are totally 
arbitary, you can move them around at your will to visualise, it makes no 
difference to how things are calculated or handled by the 
software.</FONT></SPAN></DIV><!-- Converted from text/plain format -->
<P><FONT size=2>Catch ya,<BR><BR>Dr. Dallas Warren<BR>Department of 
Pharmaceutical Biology and Pharmacology<BR>Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, 
Monash University<BR>381 Royal Parade, Parkville VIC 
3010<BR>dallas.warren@pharm.monash.edu.au<BR>+61 3 9903 
9167<BR>---------------------------------<BR>When the only tool you own is a 
hammer, every problem begins to resemble a nail.</FONT> </P>
<DIV>&nbsp;</DIV><BR>
<BLOCKQUOTE dir=ltr 
style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left>
  <HR tabIndex=-1>
  <FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> gmx-users-bounces@gromacs.org 
  [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <B>On Behalf Of </B>Pablo 
  Umazano<BR><B>Sent:</B> Thursday, 19 March 2009 10:19 AM<BR><B>To:</B> 
  gmx-users@gromacs.org<BR><B>Subject:</B> [gmx-users] g_rdf 
  program<BR></FONT><BR></DIV>
  <DIV></DIV>
  <DIV><FONT face=Arial size=2>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">Hello, 
  I am relatively new to gromacs and I really would appreciate help with the 
  following question.<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">I 
  have used a coarse-grained model to represent a DNA fragment with 
  approximately 50 nm of length. I have run a Langevin dynamics simulation of 
  DNA with ions NA+ and CL- to study their distribution of around DNA. During 
  simulation I used the option to remove the center of mass motion (default 
  option) because when there are no external forces the <I 
  style="mso-bidi-font-style: normal">com</I> linear moment must be 
  conserved.<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">Now, 
  I want study the redistribution of ions around DNA when an external electric 
  field is applied. My doubt is the following: when external electric field is 
  applied, should I remove the center of mass motion? I thought that the answer 
  was no, then I tried the following option:<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">comm_mode<SPAN 
  style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>none<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">but 
  half of DNA goes out of the box during simulation (I see this with ngmx and in 
  out.gro) and nothing enters the another side.<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">I 
  know gromacs use pbc to calculate the interactions between particles, but I 
  wonder if g_rdf program considers that part of DNA is out the box to calculate 
  the radial function distribution of ions around DNA.<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">Thank.<o:p></o:p></SPAN></P>
  <P class=MsoNormal 
  style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify"><SPAN 
  lang=EN-US 
  style="FONT-SIZE: 10pt; LINE-HEIGHT: 150%; FONT-FAMILY: Arial; mso-ansi-language: EN-US">Pablo<o:p></o:p></SPAN></P></FONT></DIV></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>