<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dearest All,<br><br>I'm experiencing strange behavior running Gromacs 4.0.2 on dual G5 macintoshs (OS 10.4.11) in my college's computer laboratory. &nbsp;When I use the attached .mdp file, grompp ends in a seg fault, however if I remove the last 3 lines (controlling velocity generation) grompp runs normally and generates a working .tpr file. In fact, simply changing gen_vel to no removes the segmentation fault. To further complicate matters, this behavior is not seen on my personal dual G5 running 10.5.4 (i.e. the attached .mdp file works without modifications).<br><br>Does anyone have any insight into this behavior?<br><br>Thanks in advance,<br><br>Ken<br><br>include &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= -I../top<br>define &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= -DPOSRES<br>constraints &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;all-bonds<br>integrator &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;md<br>dt &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;0.002<span style="white-space: pre; ">        </span>; ps !<br>nsteps &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;15000<span style="white-space: pre; ">        </span>; total 30 ps.<br>nstxout &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;5000 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; cord to .trr file every 10 ps.<br>nstvout &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;5000 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; velo to .trr file every 10 ps.<br>nstfout &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;5000<span style="white-space: pre; ">        </span>; force to .trr file every 10 ps.<br>nstlog &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;5000 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; energ to log file every 10ps.<br>nstenergy &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;250 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; energ to energ file every 0.5ps<br>nstxtcout &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;250 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; cood to .xtc file every 0.5ps<br>xtc_grps &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;Protein SOL<br>nstlist &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;5 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; freq (steps) update neighbor list<br>ns_type &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;grid<br>pbc &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;xyz &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; turns on periodic bound. cond.<br>rlist &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;1.5<br>coulombtype &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;PME<br>rcoulomb &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;1.5<br>vdwtype &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;switch<br>rvdw &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;1.4<br>rvdw_switch<span style="white-space: pre; ">        </span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;1.0<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>tcoupl &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;Berendsen<br>tc_grps<span style="white-space: pre; ">        </span><span style="white-space: pre; ">        </span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;Protein<span style="white-space: pre; ">        </span>SOL<br>tau_t &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;0.1<span style="white-space: pre; ">        </span>0.1<br>ref_t &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;300 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;300<br>; Energy monitoring<br>energygrps &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= &nbsp;Protein &nbsp;SOL<br>; Generate velocities is on at 300 K.<br>gen_vel &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= yes<br>gen_temp &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 300<br>gen_seed &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= -1</div><div><br></div><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div>Dr. K.S. Rotondi</div><div>Departments of Chemistry, BIochemistry and Molecular Biology</div><div>914G LGRT</div><div>The University of Massachusetts - Amherst</div><div>Amherst, MA 01003</div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div><div>"If there's a solution, why worry?, If there's no solution, why worry?"</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"><span class="Apple-style-span" style="white-space: pre; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">        </span></span></span>His Holiness, the Dalai&nbsp;Llama</div><div><br class="khtml-block-placeholder"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span> </div><br></body></html>