<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PostalCode"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="country-region"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="City"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="place"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceName"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceType"/>
<!--[if !mso]>
<style>
st1\:*{behavior:url(#default#ieooui) }
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:&#23435;&#20307;;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"\@&#23435;&#20307;";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'>Hi, have you set comm-mode = None? If no, you can set it and try again.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'>Zhongqiao Hu<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'>Dept of Chemical and Biomolecular Engineering<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><st1:place w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on"><font
  size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>National</span></font></st1:PlaceName>
 <st1:PlaceType w:st="on">University</st1:PlaceType></st1:place> of Singpore<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Hello,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>I want to simulate a rigid plate (wall)
moving along one direction and<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>reflecting all the particles it meets.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>I have made a potential only for repulsion
which acts at the distances<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>less than 1 nm (and equals zero at bigger
ones) and bound it to a<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>particle. If the plate is immovable
everything goes OK. To make it go<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>I use<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>acc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= WAL<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= 0 0 1<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>where the acceleration is in [nm/ps2]
(from the gmx manual 4.0).<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>To make a plate motion insensitive to the
molecules it reflects, its<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>mass was set to a very big value. But
during the following run the<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>plane moved very slowly while all other
particles in the system have<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>obtained an acceleration at the same
direction. Even those ones which<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>are to far to interact with a plate. Why?
Then if the mass of the<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>plate is reduced the above effect is not
so pronounced but then the<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>plate becomes very sensible to the
interactions, so its motion is not<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>as we want...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>If the acceleration is given in&nbsp;
[nm/ps2], how the mass can influence<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>the motion? I thought this value is just
added to the value obtained<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>from the interations, but it's evidently
not true here.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Please let me know if it's possible in
gromacs to make such moving<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>plate I described and if so, what is a
good practice to simulate this<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>effect?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Thank you,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Vitaly<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>-- <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Vitaly V. Chaban, Ph.D. (ABD)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font><st1:place w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on">School</st1:PlaceType>
 of <st1:PlaceName w:st="on">Chemistry</st1:PlaceName></st1:place><o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font><st1:place w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on">V.N.</st1:PlaceName>
 <st1:PlaceName w:st="on">Karazin</st1:PlaceName> <st1:PlaceName w:st="on">Kharkiv</st1:PlaceName>
 <st1:PlaceName w:st="on">National</st1:PlaceName> <st1:PlaceType w:st="on">University</st1:PlaceType></st1:place><o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>Svoboda sq.,4, <st1:place w:st="on"><st1:City
 w:st="on">Kharkiv</st1:City> <st1:PostalCode w:st="on">61077</st1:PostalCode>,
 <st1:country-region w:st="on">Ukraine</st1:country-region></st1:place><o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>email:
chaban@univer.kharkov.ua,vvchaban@gmail.com<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>&gt;</span></font>skype: vvchaban, mob.: +38-097-8259698<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>