Hi and thank you! This cleared the situation. I didn&#39;t care about comm-mode but only set comm-grps...<br><br>And let me one more question. Is there any possibility to define a constant velocity of my rigid wall, not an acceleration?<br>
<br>Vitaly<br><br>
&gt;Hi, have you set comm-mode = None? If no, you can set it and try again.<br>
<br>
<br>
&gt;Hello,<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;I want to simulate a rigid plate (wall) moving along one direction and<br>
<br>
&gt;reflecting all the particles it meets.<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;I have made a potential only for repulsion which acts at the distances<br>
<br>
&gt;less than 1 nm (and equals zero at bigger ones) and bound it to a<br>
<br>
&gt;particle. If the plate is immovable everything goes OK. To make it go<br>
<br>
&gt;I use<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;acc-grps                 = WAL<br>
<br>
&gt;accelerate               = 0 0 1<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;where the acceleration is in [nm/ps2] (from the gmx manual 4.0).<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;To make a plate motion insensitive to the molecules it reflects, its<br>
<br>
&gt;mass was set to a very big value. But during the following run the<br>
<br>
&gt;plane moved very slowly while all other particles in the system have<br>
<br>
&gt;obtained an acceleration at the same direction. Even those ones which<br>
<br>
&gt;are to far to interact with a plate. Why? Then if the mass of the<br>
<br>
&gt;plate is reduced the above effect is not so pronounced but then the<br>
<br>
&gt;plate becomes very sensible to the interactions, so its motion is not<br>
<br>
&gt;as we want...<br>
<br>
&gt;If the acceleration is given in  [nm/ps2], how the mass can influence<br>
<br>
&gt;the motion? I thought this value is just added to the value obtained<br>
<br>
&gt;from the interations, but it&#39;s evidently not true here.<br>
<br>
<br>
<br>
&gt;Please let me know if it&#39;s possible in gromacs to make such moving<br>
<br>
&gt;plate I described and if so, what is a good practice to simulate this<br>
<br>
&gt;effect?<br>
<br>
<br>