Respected Sir,<br>
<br>
Thanks for all your help.<br>I will try this out and if I have any further queries I will ask you.<br>Thanks a lot.<br><br>Thanking you,<br>Pawan<br><br>On Mon, Mar 23, 2009 at 5:58 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<br>
<br>
Pawan Kumar wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Respected Sir,<br>
<br><div>
Thanks for all your help, suggestions and guidance.<br>
I have few more queries.<br>
Which type of box is appropriate in editconf - cubic or triclinic ?<br>
</div></blockquote>
<br>
That depends entirely upon the dimensions of your system and what is adequate to accommodate the size of your embedded protein.<div><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I have read in one of your mails in the archives that POPE bilayer
contains some bad interactions. As it contains more no. of lipids (340)
it covers the full protein ( trimer which I am working on ) other than
the few loop regions. How far that bilayer can be used or is it fine to
use the biger bilayer of popc128a whcih I obtained by genconf ?<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
The choice of lipid should not be based on a size convenience.  It
should be based on a valid model system, and experimental evidence to
which you can correlate your results, if possible.<br>
<br>
POPE presented a terrible challenge, since during the in vacuo
InflateGRO minimizations, the headgroups folded in on themselves to
form intra-molecule hydrogen bonds that resulted in a collapse of the
molecule.  The solution was to use freeze-grps in all dimensions during
these minimizations, and then equilibrate very carefully.<br>

<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div class="h5"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div><br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>