<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I am having some trouble in viewing my molecule in VMD as a protein in dodecahedron.<br>I did the following<br><br>1.&nbsp; trjconv -f promd.trr -o nojump.xtc -s promd.tpr -pbc nojump<br><br>2.&nbsp; trjconv -f nojump..xtc -s promd.tpr -o mdcenter.xtc -ur compact -pbc mol -center -boxcenter tric<br><br>I
have run my simulation for 12 ns (of a protein dimer ).. I see the box
remain dodecahedron till about 5 ns after that the sides of the
dodecahedron becomes unequal.<br>i tried -pbc atom/whole etc, but does not help.<br>Any advice on the issue will be truly helpful. <br><br>regards,<br>nahren</td></tr></table><br>