Hi Nahren.<br><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">
<div><br>I
have run my simulation for 12 ns (of a protein dimer ).. I see the box
remain octahedron till about 5 ns after that the sides of the
dodecahedron becomes unequal.<br>i tried -pbc atom/whole etc, but does not help.<br>Any advice on the issue will be truly helpful. <br><br>regards,<br>nahren<br></div></td></tr></tbody></table><br>



      </blockquote></div><br>
An octahedron is not the same as a dodecahedron. Besides there&#39;s
noteworthy distinction between octahedron and _truncated_ octahedron
and between dodecahedron and _rhombic_ dodecahedron. <br>
<br>
If you use anisotropic or semi-isotropic pressure coupling, you&#39;re box
may skew and the sides from the shape resulting from using -pbc compact
will not be equal anymore. In fact, your initial _regular_ rhombic
dodecahedron will become a _general_ rhombic dodecahedron (and any unit
cell can be represented as a general rhombic dodecahedron). <br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
<br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931    <br>F: +31-30-2537623<br>
<br>