<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hello,<br><br>I am interested mainly in the density. <br>When using parinello-rahman and nose-hoover the fluctuations are approximately +/- 8. But when I am using Berendsen it falls to +/- 3.<br>I wanted to know if there is a way to reduce the fluctuation width of the first case.<br><br>Antonia<br><br>&gt; Date: Tue, 24 Mar 2009 09:49:45 +0100<br>&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] (no subject) - fluctuations<br>&gt; <br>&gt; Antonia V. wrote:<br>&gt; &gt; Hello,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; So a I can either increase my system size or do some post <br>&gt; &gt; precessing-smoothing...<br>&gt; <br>&gt; If you elaborate on which properties you are interested in it may be <br>&gt; possible to come up with more tips.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thanks for the ideas<br>&gt; &gt; Antonia<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  &gt; Date: Tue, 24 Mar 2009 11:39:19 +1100<br>&gt; &gt;  &gt; From: Dallas.Warren@pharm.monash.edu.au<br>&gt; &gt;  &gt; Subject: RE: [gmx-users] (no subject) - fluctuations<br>&gt; &gt;  &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; Is there a way to reduce the fluctuations of the properties<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; calculated<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; &gt; with g_energy?<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Fluctuations scale as 1/sqrt(N) where N is the number of<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; molecules. So<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; the answer is yes.<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Depending on what you actually want to do, some smoothing of the data<br>&gt; &gt;  &gt; may be what you are after. One way of doing this is taking some points<br>&gt; &gt;  &gt; before and after a time, then averaging them all together.<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Catch ya,<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Dr. Dallas Warren<br>&gt; &gt;  &gt; Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>&gt; &gt;  &gt; Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, Monash University<br>&gt; &gt;  &gt; 381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>&gt; &gt;  &gt; dallas.warren@pharm.monash.edu.au<br>&gt; &gt;  &gt; +61 3 9903 9167<br>&gt; &gt;  &gt; ---------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble<br>&gt; &gt;  &gt; a nail.<br>&gt; &gt;  &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt;  &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;  &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt;  &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;  &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Get news, entertainment and everything you care about at Live.com. Check <br>&gt; &gt; it out! &lt;http://www.live.com/getstarted.aspx &gt;<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>&gt; Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>&gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. Fax: +4618511755.<br>&gt; spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org   http://folding.bmc.uu.se<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Get news, entertainment and everything you care about at Live.com. <a href='http://www.live.com/getstarted.aspx ' target='_new'>Check it out!</a></body>
</html>