<div>Dear users,</div>
<div> </div>
<div>I just started using GROMACS and have trouble figuring out an efficient way to compute the fraction of native contacts for a trajectory. I&#39;ve checked available options such as g_mdmat, g_dist, g_hbond and g_mindist as well as previous posts, but still are not able to make a side-by-side comparison of the contacts of my reference protein structure with those of each frame in order to obtain the desired fraction.</div>

<div> </div>
<div>I would appreciate any help on this matter,</div>
<div> </div>
<div>Camilo</div>