Hello Everyone,<br><br>Pls tell me after doing simulation, which command should i use ,so that i can get all the pdb files of whole trajectory.<br>I know the command where i can get one pdb file at a time,<br>i.e.<br>trjconv -f *_vac_md_1ns.xtc -s *_vac_md_1ns.tpr -dt 20 -b 0 -e 300 -o _vac_md_1ns_300.pdb<br>
trjconv -f *_vac_md_1ns.xtc -s *_vac_md_1ns.tpr -o *_vac_md_1ns_dump_300.pdb -dump 300<br>This command will give me pdb file for 300ps file where my total simulation is for 1 ns.<br> but how to get whole pdb files for the simulation of 1ns where my dt=0.2<br>
This is a very silly problem.<br>But Please help me out.<br><br>With Regards <br>Bhawana<br>