<HTML>
<HEAD> <META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"> 
<STYLE title="table borders">.htmtableborders, .htmtableborders td, 
.htmtableborders th {border : 1px dashed lightgrey ! important;}  </STYLE>  
<STYLE type=text/css>html, body { border: 0px; }  span.macro, span.macro ul, 
span.macro div, span.macro p {background : #CCCCCC;} </STYLE>  <STYLE 
type=text/css> p{margin-bottom: 0.15em;margin-top: 
0.15em;}body{font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt;}; 
</STYLE> </HEAD> <BODY><FONT style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: arial, 
helvetica, sans-serif"> <DIV><BR>&nbsp;</DIV></FONT> <DIV>In God We 
Trust</DIV> <DIV>Hello GMX users</DIV> <DIV>I am trying to run one gromacs 
simulation in parallel. I have&nbsp; successfully compiled gromacs 4&nbsp; 
with mpi support&nbsp; on a cluster with x86_64 architecture with 4 cpus 
(intel core 2 Quad 6600).<BR>when&nbsp;I run mdrun with 
single-processor&nbsp; ,it works&nbsp; fine and everything is ok, but when I 
run the same simulation&nbsp; with 4 cpu, <BR>it finishs again normally and 
I don't&nbsp; get any error messages , but my protein breaks and box of sol 
becomes deformed.</DIV> <DIV>These are first few lines of my output (on 
screen)</DIV> <DIV>NNODES=4, MYRANK=3, HOSTNAME=localhost.localdomain<BR>
NODEID=3 argc=16</DIV> <DIV>NNODES=4, MYRANK=0, 
HOSTNAME=localhost.localdomain<BR>NNODES=4, MYRANK=2, 
HOSTNAME=localhost.localdomain<BR>NNODES=4, MYRANK=3, 
HOSTNAME=localhost.localdomain<BR>NODEID=2 argc=15<BR>NNODES=4, MYRANK=1, 
HOSTNAME=localhost.localdomain<BR>NODEID=1 argc=15<BR>NODEID=3 argc=15<BR>
NODEID=0 argc=15</DIV> <DIV>&nbsp;</DIV> <DIV>here is my commands and mdp 
file&nbsp;&nbsp;:<BR>commands:</DIV> <DIV>grompp -f sp.mdp -c fprmd.gro -r 
fprmd.gro -p n.top -o&nbsp; sp.tpr&nbsp; -n n.ndx -maxwarn&nbsp; 1000</DIV> 
<DIV>mpirun -np 4 mdrun -s sp.tpr -o sp.trr -c fsp.gro -g sp.log -e sp.edr 
-n n.ndx -N 4</DIV> <DIV>&nbsp;</DIV> <DIV>mdf file:</DIV> <DIV>&nbsp;</DIV> 
<DIV>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; n.pdb <BR>restraining<BR>
warnings&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 10</DIV> <DIV>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; /lib/cpp</DIV> <DIV>
define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; -DFLEXIBLE</DIV> <DIV>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
none</DIV> <DIV>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
steep </DIV> <DIV>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 10000</DIV> <DIV>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1</DIV> <DIV>
comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; Linear</DIV> <DIV>
comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; protein </DIV> <DIV>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 250</DIV> <DIV>
nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1000</DIV> <DIV>
nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 0</DIV> <DIV>
nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 10</DIV> <DIV>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 10</DIV> <DIV>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 10</DIV> <DIV>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; grid</DIV> <DIV>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1.2</DIV> <DIV>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME</DIV>
 <DIV>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1.2</DIV> <DIV>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1.4</DIV> <DIV>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0.12</DIV> <DIV>
fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0</DIV> <DIV>
fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0</DIV> <DIV>
fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
0</DIV> <DIV>
pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 4</DIV> <DIV>
ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 
1e-5</DIV> <DIV>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; yes<BR>
emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 10.0</DIV> <DIV>
emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
= 0.01</DIV> <DIV><BR>whould you please help me to overcome this 
problem.&nbsp;<BR>Many thanks in advance for your help and your reply.</DIV> 
<DIV><BR>Yours truly <BR>Karim Mahnam<BR>Institute 
of&nbsp;&nbsp;Biochemistry&nbsp;&nbsp;and&nbsp;&nbsp;Biophysics (IBB)<BR>
Tehran University <BR>P.O.box 13145-1384<BR>Tehran <BR>Iran <BR><A 
href="http://www.ibb.ut.ac.ir/">http://www.ibb.ut.ac.ir/</A></DIV></BODY>
</HTML>