Respected Sir,<br><br>Greetings from Pawan.<br>Thanks for all your kind help and suggestions.<br>I will work on this and ask you if I have further doubts.<br>Is it fine if I use the perl code given in <a href="http://wiki.gromacs.org/membrane-simulations">wiki.gromacs.org/membrane-simulations</a> for solvation after the genbox step to remove extra waters from the hydrophobic part of the bilayer ?<br>
<br>Thanking you,<br><br>Yours sincerely,<br>Pawan<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 31, 2009 at 5:31 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
Pawan Kumar wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
Respected Sir,<br>
<br>
Greetings from Pawan.<br></div><div class="im">
Thanks for all your suggestions.<br>
Is it possible to use the lipid.itp file from Tieleman sir&#39;s website in combination with GROMOS 96 force field without any modification ?<br>
</div></blockquote>
<br>
If you want to use lipid.itp without any modification, you are restricted to the ffgmx (deprecated!) force field.  For Gromos96-lipid.itp combination, simply remove the &quot;;; parameters for lipid-GROMOS interactions,&quot; as these nonbonded combinations are for ffgmx only.  Otherwise, the nonbonded interactions (which now have consistent combination rules) should be generated correctly.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Is it fine if I use the Gromos/Berger force field combination for the system I am using ?<br>
</blockquote>
<br></div>
That is a decision you will have to make based on a thorough examination of the literature, and the benefits and criticisms of these particular force field parameters.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I am sorry to ask this but can you please help me with some information how to modify the lipid.itp file ?<br>
</blockquote>
<br></div>
That depends entirely upon what you want to do.  If you want Gromos/Berger, I&#39;ve already told you.  If you want OPLS/modified Berger, search the archives for Chris Neale&#39;s posts on that topic.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
I will edit vdwradii.dat file as per your suggestion.<br>
<br>
<br>
Thanking you,<br>
<br>
Yours sincerely,<br>
Pawan<br>
<br></div><div class="im">
On Tue, Mar 31, 2009 at 4:53 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Pawan Kumar wrote:<br>
<br>
        Respected Sir,<br>
<br>
        Greetings from Pawan.<br></div><div><div></div><div class="h5">
        I have edited the lipid.itp file to add just one line extra &quot; H<br>
        atom from the opls_force_filed.itp &quot; at the end of lipid<br>
        interactions data and that works fine.<br>
        I have done this after seeing the archives. It was given either<br>
        I should change the file for sigma and epsilon values or else<br>
        just add this line.<br>
        I think I have done it correctly. If not please correct me.<br>
<br>
<br>
    No, that is incorrect.  You need to add the additional atom type as<br>
    well as convert C6/C12 to sigma/epsilon.  Otherwise, the calculated<br>
    nonbonded interactions are meaningless.  Read instructions carefully!<br>
<br>
    Force fields have to be internally self-consistent, so using the<br>
    parameters from OPLS with Berger lipids will give spurious results.<br>
     The only proper combinations are Gromos/Berger or OPLS/converted<br>
    Berger.<br>
<br>
<br>
        I have removed the position restraints after the inflategro<br>
        procedure.<br>
        After that I did energy minimization using define = -DFLEXIBLE.<br>
        I will change the temperature as per your suggestion.<br>
        I thought before solvating if I do position restraint mdrun the<br>
        lipids will compact more surrounding the protein.<br>
<br>
<br>
    No, your system will probably explode due to unsatisfied charge<br>
    interactions and hydrogen bonds.  There is a substantial dipole in<br>
    each lipid headgroup that can repel the lipids away from each other<br>
    if it is not shielded.<br>
<br>
<br>
        Thats the step when I got Lincs warnings and segmentation fault.<br>
        Then I tried solvating the system using genbox step and<br>
        spc216.gro as the solvent.<br>
        But before doing the solvation step I copied the vdwradii.dat<br>
        file into the working directory and increased the value for<br>
        carbon to 0.5.<br>
        But the result of this was &quot; Segmentation fault &quot; again. Can you<br>
        please tell me why I get the &quot; Segmentation fault &quot; here in this<br>
        step.<br>
        The command used was : genbox  -cp comp_em27.pdb -cs spc216.gro<br>
        -o box.pdb -p topol.top<br>
<br>
<br>
    Using a 0.5-nm radius for carbon will cause problems of excess<br>
    memory consumption, or otherwise breaks the calculation.  Use<br>
    something more along the lines of 0.35 or 0.375, and manually delete<br>
    out any stray waters in the hydrophobic core.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
        Thanking you,<br>
<br>
        Yours sincerely,<br>
        Pawan<br>
<br>
        On Tue, Mar 31, 2009 at 4:20 PM, Justin A. Lemkul<br>
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div></div><div><div></div><div class="h5">
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
           Justin A. Lemkul wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
               Pawan Kumar wrote:<br>
<br>
                   Respected Sir,<br>
<br>
                   Greetings from Pawan.<br>
                   I have used force constants of 100000 in position<br>
        restraint<br>
                   .itp files for proteins as suggested in Dr. Tieleman&#39; s<br>
                   webisite for Inflategro.<br>
                   The mdp files are :<br>
<br>
<br>
               The .mdp files look reasonable enough, although I don&#39;t<br>
        know why<br>
               you are applying position restraints during EM.  If it is for<br>
               InflateGRO, that is fine, but once the system is<br>
        assembled, you<br>
               should remove the position restraints from the protein to<br>
               minimize the system more.<br>
<br>
               And are you sure you want 300K?  DPPC will be in a gel<br>
        phase at<br>
               that temperature.  If you want a more realistic fluid-phase<br>
               model, you&#39;ll have to go above 315K (323K is common).<br>
<br>
<br>
           One thing I just noticed.  You don&#39;t have solvent in your<br>
           position-restrained run?  That could be a big problem if the<br>
        lipid<br>
           headgroups are strongly repelled from one another.  Add solvent<br>
           before doing anything other than EM.<br>
<br>
           -Justin<br>
<br>
<br>
                   *Topology file :*<br>
                   ; Include forcefield parameters<br>
                   #include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br>
                   #include &quot;lipid.itp&quot;<br>
                   #include &quot;dppc.itp&quot;<br>
<br>
<br>
               This section should not work, as written.  Have you modified<br>
               lipid.itp according to Chris Neale&#39;s half-epsilon<br>
               double-pairlist method?  If not, what you&#39;ve done makes no<br>
               sense.  The Berger lipid parameters distributed through<br>
               Tieleman&#39;s site are designed for use with the Gromos force<br>
               fields.  They can be modified (search in the archives),<br>
        but that<br>
               can also be a source of error.  Users who have made<br>
        mistakes in<br>
               the conversion have seen their systems explode.<br>
<br>
               -Justin<br>
<br>
                   ; Include chain topologies<br>
                   #include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
                   #include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
                   #include &quot;topol_C.itp&quot;<br>
<br>
                   ;#ifdef POSRES<br>
                   ;#include &quot;lipid_posre.itp&quot;<br>
                   ;#endif<br>
<br>
                   ; Include water topology<br>
                   #ifdef FLEX_SPC<br>
                   #include &quot;flexspc.itp&quot;<br>
                   #else<br>
                   #include &quot;spc.itp&quot;<br>
                   #endif<br>
<br>
                   #ifdef POSRES_WATER<br>
                   ; Position restraint for each water oxygen<br>
                   [ position_restraints ]<br>
                   ;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>
                     1    1       1000       1000       1000<br>
                   #endif<br>
<br>
                   ; Include generic topology for ions<br>
                   #include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
                   [ system ]<br>
                   ; Name<br>
                   PROTEIN IN DPPC BILAYER<br>
<br>
                   [ molecules ]<br>
                   ; Compound      #mols<br>
                   Protein_A           1<br>
                   Protein_B           1<br>
                   Protein_C           1<br>
                   DPPC              926<br>
                   ;SOL             23552<br>
<br>
                   Please help with some suggestions.<br>
<br>
                   Thanking you,<br>
<br>
                   Yours sincerely,<br>
                   Pawan<br>
<br>
                   On Mon, Mar 30, 2009 at 6:22 PM, Justin A. Lemkul<br>
                   &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
                   &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
                                  Pawan Kumar wrote:<br>
<br>
                          Respected Sir,<br>
<br>
                          Greetings from Pawan.<br>
                          I did the Inflategro procedure for the POPC<br>
        bilayer<br>
                   generated<br>
                          using genconf.<br>
                          It took around 26 compressions for coming near the<br>
                   initial area<br>
                          (just above it).<br>
                          The minimization were all converged to Fmax &lt;<br>
        1350.<br>
                          If I decrease the Fmax less than this I am getting<br>
                   machine<br>
                          precision.<br>
                          But when I proceeded with the final compressed<br>
                   structure for pr<br>
                          mdrun it gave lincs warnings and ended with<br>
                   segmentation fault.<br>
                          As an alternative to this bilayer I used the<br>
        DPPC bilayer<br>
                          (pre-equilibrated) which is given in GMX-Benchmark<br>
                   distribution.<br>
                          I carried out the same steps of Inflategro. I used<br>
                   the cutoff of<br>
                          14 A in the inflation and compression step also.<br>
                          In this case the the Steepest Descents<br>
        converged to<br>
                   Fmax &lt; 1000<br>
                          in all the steps. The maximum force war never<br>
        above 850.<br>
                          But when I did position restraint mdrun with<br>
        the last<br>
                   compressed<br>
                          file I got Lincs warnings and Segementation fault<br>
                   after few<br>
                          steps (30 - 40 steps).<br>
                          Can you please help how to proceed ?<br>
<br>
<br>
                      If the minimization procedure is adequately finishing,<br>
                   then the<br>
                      problem comes from something you are doing.  If<br>
        you post<br>
                   your .mdp<br>
                      file, we may be able to see if there are any obvious<br>
                   mistakes.<br>
<br>
                      -Justin<br>
<br>
                          Thanking you,<br>
<br>
                          Yours sincerely,<br>
                          Pawan<br>
<br>
<br>
                          Justin A. Lemkul<br>
                          Graduate Research Assistant<br>
                          ICTAS Doctoral Scholar<br>
                          Department of Biochemistry<br>
                          Virginia Tech<br>
                          Blacksburg, VA<br>
                          jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt;<br>
        &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; |<br>
<br>
                   (540) 231-9080<br>
                                 <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
                          ========================================<br>
                          _______________________________________________<br>
                          gmx-users mailing list           <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>

                   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
                          &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
                   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;&gt;<br>
                          <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
                          Please search the archive at<br>
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        the list.<br>
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<br>
<br>
<br>
<br>
           --    ========================================<br>
<br>
           Justin A. Lemkul<br>
           Graduate Research Assistant<br>
           ICTAS Doctoral Scholar<br>
           Department of Biochemistry<br>
           Virginia Tech<br>
           Blacksburg, VA<br>
           jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<br>
        231-9080<br>
           <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
           ========================================<br>
           _______________________________________________<br>
           gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
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           <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
           Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
           posting!<br>
           Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
           interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
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        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
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           Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
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    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Graduate Research Assistant<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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    ========================================<br>
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_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div class="im"><br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
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Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div><div class="im"><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="h5">
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Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
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