Dear Nitu madam,<br><br>You can directly go for simulation of lipid+protein complex if u r using a pre-equilibrated bilayer as from Dr. Tieleman&#39;s website.<br><br>Regards,<br>Pawan<br><br><div class="gmail_quote">2009/3/31 nitu sharma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sharmanitu35@gmail.com">sharmanitu35@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear all,<br><br>                  I  am trying to simulation of membrane proteins  I have a basic question can we directly go for simulation of lipid+protein complex without doing simulation of individually simulation of lipid bilayer because  I am facing lot of problem with topology file for lipid bilayer .<br>

<br>please any one suggest me whats the right thing I have to do.<br><br><br>thanks.<br><font color="#888888"><br>nitu sharma<br>School of life Sciences<br>Jawaherlal nehru university<br>New delhi,India<br>
</font><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>