Respected Sir,<br><br>Greetings from Pawan.<br>I have edited the lipid.itp file to add just one line extra &quot; H atom from the opls_force_filed.itp &quot; at the end of lipid interactions data and that works fine.<br>I have done this after seeing the archives. It was given either I should change the file for sigma and epsilon values or else just add this line. <br>
I think I have done it correctly. If not please correct me.<br>I have removed the position restraints after the inflategro procedure.<br>After that I did energy minimization using define = -DFLEXIBLE.<br>I will change the temperature as per your suggestion.<br>
I thought before solvating if I do position restraint mdrun the lipids will compact more surrounding the protein.<br>Thats the step when I got Lincs warnings and segmentation fault.<br>Then I tried solvating the system using genbox step and spc216.gro as the solvent.<br>
But before doing the solvation step I copied the vdwradii.dat file into the working directory and increased the value for carbon to 0.5.<br>But the result of this was &quot; Segmentation fault &quot; again. Can you please tell me why I get the  &quot; Segmentation fault &quot; here in this step.<br>
The command used was : genbox  -cp comp_em27.pdb -cs spc216.gro -o box.pdb -p topol.top<br><br>Thanking you,<br><br>Yours sincerely,<br>Pawan<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 31, 2009 at 4:20 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Pawan Kumar wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
Respected Sir,<br>
<br>
Greetings from Pawan.<br></div><div class="im">
I have used force constants of 100000 in position restraint .itp files for proteins as suggested in Dr. Tieleman&#39; s webisite for Inflategro.<br>
The mdp files are :<br>
</div></blockquote><div class="im">
<br>
The .mdp files look reasonable enough, although I don&#39;t know why you are applying position restraints during EM.  If it is for InflateGRO, that is fine, but once the system is assembled, you should remove the position restraints from the protein to minimize the system more.<br>

<br>
And are you sure you want 300K?  DPPC will be in a gel phase at that temperature.  If you want a more realistic fluid-phase model, you&#39;ll have to go above 315K (323K is common).<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
One thing I just noticed.  You don&#39;t have solvent in your position-restrained run?  That could be a big problem if the lipid headgroups are strongly repelled from one another.  Add solvent before doing anything other than EM.<br>

<br>
-Justin<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

*Topology file :*<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br>
#include &quot;lipid.itp&quot;<br>
#include &quot;dppc.itp&quot;<br>
<br>
</blockquote>
<br>
This section should not work, as written.  Have you modified lipid.itp according to Chris Neale&#39;s half-epsilon double-pairlist method?  If not, what you&#39;ve done makes no sense.  The Berger lipid parameters distributed through Tieleman&#39;s site are designed for use with the Gromos force fields.  They can be modified (search in the archives), but that can also be a source of error.  Users who have made mistakes in the conversion have seen their systems explode.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
; Include chain topologies<br>
#include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
#include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
#include &quot;topol_C.itp&quot;<br>
<br>
;#ifdef POSRES<br>
;#include &quot;lipid_posre.itp&quot;<br>
;#endif<br>
<br>
; Include water topology<br>
#ifdef FLEX_SPC<br>
#include &quot;flexspc.itp&quot;<br>
#else<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
[ position_restraints ]<br>
;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>
   1    1       1000       1000       1000<br>
#endif<br>
<br>
; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
PROTEIN IN DPPC BILAYER<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound      #mols<br>
Protein_A           1<br>
Protein_B           1<br>
Protein_C           1<br>
DPPC              926<br>
;SOL             23552<br>
<br>
Please help with some suggestions.<br>
<br>
Thanking you,<br>
<br>
Yours sincerely,<br>
Pawan<br>
<br>
On Mon, Mar 30, 2009 at 6:22 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

 <br>
    Pawan Kumar wrote:<br>
<br>
        Respected Sir,<br>
<br>
        Greetings from Pawan.<br>
        I did the Inflategro procedure for the POPC bilayer generated<br>
        using genconf.<br>
        It took around 26 compressions for coming near the initial area<br>
        (just above it).<br>
        The minimization were all converged to Fmax &lt; 1350.<br>
        If I decrease the Fmax less than this I am getting machine<br>
        precision.<br>
        But when I proceeded with the final compressed structure for pr<br>
        mdrun it gave lincs warnings and ended with segmentation fault.<br>
        As an alternative to this bilayer I used the DPPC bilayer<br>
        (pre-equilibrated) which is given in GMX-Benchmark distribution.<br>
        I carried out the same steps of Inflategro. I used the cutoff of<br>
        14 A in the inflation and compression step also.<br>
        In this case the the Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000<br>
        in all the steps. The maximum force war never above 850.<br>
        But when I did position restraint mdrun with the last compressed<br>
        file I got Lincs warnings and Segementation fault after few<br>
        steps (30 - 40 steps).<br>
        Can you please help how to proceed ?<br>
<br>
<br>
    If the minimization procedure is adequately finishing, then the<br>
    problem comes from something you are doing.  If you post your .mdp<br>
    file, we may be able to see if there are any obvious mistakes.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        Thanking you,<br>
<br>
        Yours sincerely,<br>
        Pawan<br>
<br>
<br>
        Justin A. Lemkul<br>
        Graduate Research Assistant<br>
        ICTAS Doctoral Scholar<br>
        Department of Biochemistry<br>
        Virginia Tech<br>
        Blacksburg, VA<br>
        jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
        <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
        ========================================<br>
        _______________________________________________<br>
        gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
        before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div></div><div class="im"><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="h5">
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>