Hai Sir ! <br> Actually i want to see the dihedral angle (Câ-S-S-Câ) variation over time.I used the commands<br>  <br>&quot;g_angle -f trajout.xtc -s gp123_b4full.tpr -n angle.ndx -od angdist.xvg -ov angaver.xvg -of dihfrac.xvg -ot dihtrans.xvg -oc dihcorr.xvg -type       dihedral -all&quot;<br>
<br>&quot;g_chi -s gp123_full.gro -f gp123_full.trr -o order.xvg -jc Jcoupling.xvg -g chi.log -rama -all&quot;<br> <br>Please suggest me the right options<br>Thanks for ur concern<br>  <br><br><div class="gmail_quote">2009/4/1 Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Venkat,<br>
<br>
What exactly do you mean with variations. Do you want to follow the<br>
angle over time, or do you want distributions with mean and variance<br>
estimates? g_angle and g_chi seem to be the appropriate tools. You<br>
mention you tried all suitable options, but fail to explain what you<br>
tried and what exactly it is you want. We need that sort of<br>
information to be able to help you out.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
2009/4/1 Venkat Reddy &lt;<a href="mailto:venkat4bt@gmail.com">venkat4bt@gmail.com</a>&gt;:<br>
<div><div></div><div class="h5">&gt; First of all Thanks for ur reply !<br>
&gt; I tried both g_angle and g_chi with all suitable options, but i didn&#39;t get<br>
&gt; the required result.Can u plz help me in this regard ???<br>
&gt;<br>
&gt; 2009/4/1 Antonia V. &lt;<a href="mailto:antonia_haha@hotmail.com">antonia_haha@hotmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Did you try g_angle??<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Antonia<br>
&gt;&gt; ________________________________<br>
&gt;&gt; Date: Wed, 1 Apr 2009 11:35:29 +0530<br>
&gt;&gt; From: <a href="mailto:venkat4bt@gmail.com">venkat4bt@gmail.com</a><br>
&gt;&gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; Subject: [gmx-users] How to calculate the dihedral angle variations ???<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi Everyone !<br>
&gt;&gt; How can i see the variations in the  &quot;Câ-S-S-Câ&quot; (Disulfide bridge)<br>
&gt;&gt; dihedral angle during a simulation ?????<br>
&gt;&gt;      Thanks in advance<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Cheers from<br>
&gt;&gt; Venkat Reddy Chirasani<br>
&gt;&gt; M.Tech Bioinformatics<br>
&gt;&gt; UNIVERSITY OF HYDERABAD<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ________________________________<br>
&gt;&gt; check out the rest of the Windows LiveT. More than mail-Windows LiveT goes<br>
&gt;&gt; way beyond your inbox. More than messages<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Venkat Reddy Chirasani<br>
&gt; M.Tech Bioinformatics<br>
&gt; UNIVERSITY OF HYDERABAD<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
</div></div>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
Junior UD (post-doc)<br>
Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>
Utrecht University<br>
Padualaan 8<br>
3584 CH Utrecht<br>
The Netherlands<br>
P: +31-30-2539931<br>
F: +31-30-2537623<br>
<div><div></div><div class="h5">_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Venkat Reddy Chirasani<br>M.Tech Bioinformatics<br>UNIVERSITY OF HYDERABAD<br>