<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

&gt; 1. A description of your system I have a system of 250 5CB molecules (it is a liquid crystal) which means 4750 atoms. &gt; 2. Anything else that was printed to screen or the .log file (that's where the  &gt; real error message will appear) On the screen the message was  [compute-0-4:01361] *** Process received signal *** [compute-0-4:01361] Signal: Segmentation fault (11) [compute-0-4:01361] Signal code: Address not mapped (1) [compute-0-4:01361] Failing at address: 0x1913c280 [compute-0-4:01361] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x32b340de70] [compute-0-4:01361] [ 1] mdrun [0x6a46cd] [compute-0-4:01361] *** End of error message *** Segmentation fault and the last thing that was written in the md.log file is  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000 Grid: 8 x 8 x 8 cells &nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol) &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR) &nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.12078e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.44768e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.19128e+03&nbsp;&nbsp; -1.67708e+04&nbsp;&nbsp; -1.07965e+03 &nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature &nbsp;&nbsp; -6.75318e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.81852e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.02196e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.82054e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.41383e-01 &nbsp;Pressure (bar) &nbsp;&nbsp; -2.55714e+03 &gt; 3. What happened in the EM procedure? After the EM (steep) the forces were minimized to the desired accuracy (Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e+02) &gt; 4. What .mdp parameters you are using I use a time step of 2fs, PME for the electrostatics, a quite large cut-off (1.2), the nose-hoover thermostat (340K) &gt; 5. Which Gromacs version you are using I use GROMACS 4.0.3  Thank you  Antonia &gt; Date: Wed, 1 Apr 2009 06:39:17 -0400 &gt; From: jalemkul@vt.edu &gt; To: gmx-users@gromacs.org &gt; Subject: Re: [gmx-users] (no subject) &gt;  &gt;  &gt;  &gt; Antonia V. wrote: &gt; &gt; Hello, &gt; &gt;  &gt; &gt; I am trying to simulate a system at the NVT ensemble, but after a few  &gt; &gt; steps I get the error &gt; &gt; [compute-0-4:01361] *** Process received signal *** &gt; &gt; [compute-0-4:01361] Signal: Segmentation fault (11) &gt; &gt; [compute-0-4:01361] Signal code: Address not mapped (1) &gt; &gt; [compute-0-4:01361] Failing at address: 0x1913c280 &gt; &gt; [compute-0-4:01361] [ 0] /lib64/libpthread.so.0 [0x32b340de70] &gt; &gt; [compute-0-4:01361] [ 1] mdrun [0x6a46cd] &gt; &gt; [compute-0-4:01361] *** End of error message *** &gt; &gt; Segmentation fault &gt; &gt;  &gt; &gt; Any ideas what this means?? &gt; &gt;  &gt;  &gt; Given this information, no.  Segmentation faults are difficult to pin down,  &gt; anyway, but if you want help, you'll have to provide more useful information: &gt;  &gt; 1. A description of your system &gt; 2. Anything else that was printed to screen or the .log file (that's where the  &gt; real error message will appear) &gt; 3. What happened in the EM procedure? &gt; 4. What .mdp parameters you are using &gt; 5. Which Gromacs version you are using &gt;  &gt; -Justin &gt;  &gt; &gt; Thank you &gt; &gt; Antonia &gt; &gt;  &gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------ &gt; &gt; What can you do with the new Windows Live? Find out  &gt; &gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx&gt; &gt; &gt;  &gt; &gt;  &gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------ &gt; &gt;  &gt; &gt; _______________________________________________ &gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org &gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting! &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php &gt;  &gt; --  &gt; ======================================== &gt;  &gt; Justin A. Lemkul &gt; Graduate Research Assistant &gt; ICTAS Doctoral Scholar &gt; Department of Biochemistry &gt; Virginia Tech &gt; Blacksburg, VA &gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080 &gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin &gt;  &gt; ======================================== &gt; _______________________________________________ &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting! &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the  &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php <br /><hr />check out the rest of the Windows Live™.

More than mail–Windows Live™ goes way beyond your inbox.

 <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/' target='_new'>More than messages</a></body>

</html>