<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>CHARMM will be included and fully supported in Gromacs 4.1.<br>AMBER on the other hand is provided as an external package.<br>This is mainly because is requires some residue renaming and other stuff<br>that pdb2gmx does currently does not support.<br>We want to support it, but we anyhow want to completely rewrite pdb2gmx,<br>so this might take some time.<br><br>Since AMBER is not included in the Gromacs package, the water itp files<br>have no AMBER specific stuff them.<br><br>Currently the proper way to use water models with AMBER in Gromacs is<br>to replace the include in the top file; e.g. for e.g. tip3p:<br>#include "tip3p.itp"<br>by<br>#include "ffamber_tip3p.itp"<br><br>Sorry for the inconvenience,<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 2 Apr 2009 11:04:56 +0100<br>From: alanwilter@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Water models for amber03<br><br><div class="EC_gmail_quote"><div><div>I was reviewing *.itp from GMX 4.0.4 and found that we now have &nbsp;_FF_CHARMM in, e.g., tip3p.itp and spc.itp, but not in spce.itp, why not? Was it forgotten? Anyone would kindly know something about it?</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Alan</div><div><br></div></div></div>-- <br>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br>Department of Biochemistry, University of Cambridge.<br>80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br>

&gt;&gt;<a href="http://www.bio.cam.ac.uk/%7Eawd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a>&lt;&lt;<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>