Dear all,<br><br>I appear to be having problems with my pdb file for gromacs. If someone could help me out that would be awesome. I enter the following code to run pdb2gmx:<br><br>pdb2gmx -f test.pdb<br><br>and then I select a force field. I have selected OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals). Once I select the force field I get the error <br>
<br>&quot;Fatal error:<br>Residue &#39;2&#39; not found in residue topology database&quot;<br><br>This is what my pdb file looks like (I&#39;ve just posted the first 10-15 lines or so). Does anyone see where I am going wrong? Thank you very much in advance.<br>
<br>HETATM    1  C     2     2      -4.438   3.334   2.988<br>HETATM    2  C     2     2       0.588   3.313   0.517<br>HETATM    3  C     2     2       5.476   3.310  -2.216<br>HETATM    4  H     2     2      -4.134   2.590   3.731<br>
HETATM    5  H     2     2      -5.525   3.438   3.047<br>HETATM    6  H     2     2      -3.996   4.291   3.276<br>HETATM    7  H     2     2       1.480   3.111   1.117<br>HETATM    8  H     2     2      -0.266   3.349   1.200<br>
HETATM    9  H     2     2       0.702   4.307   0.076<br>HETATM   10  H     2     2       6.375   3.525  -1.633<br>HETATM   11  H     2     2       4.648   3.862  -1.761<br>HETATM   12  H     2     2       5.628   3.709  -3.223<br>
HETATM   13  C     2     2      -3.996   2.922   1.581<br>HETATM   14  H     2     2      -2.902   2.862   1.545<br>HETATM   15  H     2     2      -4.281   3.703   0.865<br>HETATM   16  C     2     2       0.394   2.242  -0.557<br>
HETATM   17  H     2     2      -0.485   2.486  -1.167<br>.<br>.<br>.<br>.<br>.<br><br>Jacob Harvey<br clear="all"><br>-- <br>--<br>Jacob Harvey<br><br>Graduate Student<br><br>University of Massachusetts Amherst<br><br><a href="mailto:j.harv8@gmail.com">j.harv8@gmail.com</a><br>