<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 3, 2009 at 9:48 PM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Manik Mayur wrote:<div><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
On Fri, Apr 3, 2009 at 8:25 PM, David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
    Manik Mayur wrote:<br>
<br>
        Hi,<br>
<br>
        With reference to<br>
<br>
        <a href="http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg13374.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg13374.html</a><br>
<br>
        I would like to know if anybody has successfully simulated<br>
        couette flow using GROMACS. If yes, then please suggest what<br>
        specific steps has to be taken. If no, then are the developers<br>
        planning to implement giving constant velocity to a group of<br>
        atoms, as we can do in LAMMPS, in future versions.<br>
<br>
        It will really be a life saver if GROMACS can be used for such<br>
        problems.<br>
<br>
<br>
    As the mail you pointed to suggest, it is quite simple to do<br>
    yourself. As a first guess look for routine<br>
    static void do_update_md(int start,int homenr,double dt,<br>
<br>
    in src/mdlib/update.c<br>
<br>
    and find this line:<br>
<br>
             /* do not scale the mean velocities u */<br>
             vn             = gstat[ga].u[d] + accel[ga][d]*dt + vnrel;<br>
<br>
    and replace it by<br>
<br>
             /* do not scale the mean velocities u */<br>
             vn             = gstat[ga].u[d] + accel[ga][d] + vnrel;<br>
<br>
    and recompile.<br>
<br>
    As you see, I just removed the multiplication by the time step. Now<br>
    in the input file (mdp) you enter the velocity instead of the<br>
    acceleration in the appropriate entries, and you are good to go. You<br>
    may need to remove the mean velocity of the group as well...<br>
<br>
<br>
Thanks a lot for the suggestion. But will this work if I have 2 groups, one with constant velocity and another with constant acceleration? Like a superposition of couette and poiseuille flow.<br>
</blockquote></div></div>
You didn&#39;t mention that :(.<br>
No, you will have to do some more hacking, but you could e.g. make group 0 to have acceleration and group 1 a velocity.<br>
</blockquote><br>Can you provide more insight on how to achieve it, as from your suggestion it turns out, I can have either constant velocity build of GROMACS or the constant acceleration one.<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
 <br>
<br>
<br>
        Also can we build GROMACS as a library to be called from<br>
        customized codes?<br>
<br>
        Thanks,<br>
        --         Manik Mayur<br>
        Graduate student<br>
        Microfluidics Lab<br>
        Dept. of Mechanical Engg.<br>
        IIT Kharagpur<br>
        INDIA<br>
<br>
<br>
        ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
        _______________________________________________<br>
        gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
        <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
        before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
    --     David.<br>
    ________________________________________________________________________<br>
    David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>
    Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
    Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>
    phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755<br></div>
    <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;       <a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a>&gt;   <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><div class="im">

<br>
    ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Manik Mayur<br>
Graduate student<br>
Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>
IIT Kharagpur<br>
INDIA<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
-- <br>
David.<br>
________________________________________________________________________<br>
David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden<br>
phone:  46 18 471 4205          fax: 46 18 511 755<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a>   <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>


++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Manik Mayur<br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>