Dear all,<br><br>                   I am trying to do simulation of membrane protein with lipid bilayer  for this I have made topology file like this-<br>; topology for tap in 128 dmpc lipids plus water.<br>; rr1_A.itp and rr1_B.itp can be made in a straightforward manner with pdb2gmx, starting<br>
; with a pdb file of tap transporter.<br>; make sure lipid.itp,dmpc.itp and rr1.itp are in a location where<br>; grompp can find them (GMXLIB, current directory, or directory given in <br>; the .mdp file with the include option. <br>
#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br>#include &quot;lipid.itp&quot;<br>#include &quot;dmpc.itp&quot;<br><br>; Include chain topologies<br>#include &quot;rr1_A.itp&quot;<br>#include &quot;rr1_B.itp&quot;<br><br>;#ifdef POSRES<br>
;#include &quot;posre_A.itp&quot;<br>;#include &quot;posre_B.itp&quot;<br>;#include &quot;lipid_posre.itp&quot;<br>; Include water topology<br>#ifdef FLEX_SPC<br>#include &quot;flexspc.itp&quot;<br>#else<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>
#endif<br><br>[ system ]<br>; Name<br>PROTEIN IN DMPC BILAYER + WATER <br><br>[ molecules ]<br>; compound  #mols<br>Protein_A    1<br>Protein_B    1<br>DMPC        128<br>;SOL        3551<br><br>SOL             24020<br>SOL             43676<br>
<br>when I am trying to run grompp after solvating the system I am getting error like this-<br>Program grompp, VERSION 4.0.3<br>Source code file: toppush.c, line: 843<br><br>Fatal error:<br>Atomtype C not found<br>--------------------------<br>
my command  line like this-<br>grompp -f em.mdp -p rr1-dmpc.top -c solvated-tapp-mod.pdb -o tapp-mod-em.tpr<br> if anyone know about this please suggest me right thing to do.<br>thanks.<br><br>Nitu Sharma<br>School of life sciences<br>
Jawaherlal Nehru University<br>New Delhi India<br><br><br>