Dear All,<br><br>I seem to be having issues with the pdb file I wish to use in gromacs. I am trying to model this system using the OPLS-AA force field however I get the error<br clear="all"><br>&quot;Fatal error:<br>Residue &#39;&#39; not found in residue topology database&quot;<br>
<br>I know what this error means but its not naming a specific residue so I&#39;m not sure where I am going wrong in terms of naming my atoms. Does anyone see a way to fix this problem. Thank you.<br><br>my pdb file:<br><br>
HETATM    1  CA      2     2      -4.438   3.334   2.988<br>HETATM    2  CA      2     2       0.588   3.313   0.517<br>HETATM    3  CA      2     2       5.476   3.310  -2.216<br>HETATM    4  H4      2     2      -4.134   2.590   3.731<br>
HETATM    5  H5      2     2      -5.525   3.438   3.047<br>HETATM    6  H6      2     2      -3.996   4.291   3.276<br>HETATM    7  H7      2     2       1.480   3.111   1.117<br>HETATM    8  H8      2     2      -0.266   3.349   1.200<br>
HETATM    9  H9      2     2       0.702   4.307   0.076<br>HETATM   10  H10     2     2       6.375   3.525  -1.633<br>HETATM   11  H11     2     2       4.648   3.862  -1.761<br>HETATM   12  H12     2     2       5.628   3.709  -3.223<br>
HETATM   13  CA      2     2      -3.996   2.922   1.581<br>HETATM   14  H14     2     2      -2.902   2.862   1.545<br>HETATM   15  H15     2     2      -4.281   3.703   0.865<br>HETATM   16  CA      2     2       0.394   2.242  -0.557<br>
HETATM   17  H17     2     2      -0.485   2.486  -1.167<br>HETATM   18  H18     2     2       1.250   2.252  -1.242<br>HETATM   19  CA      2     2       5.188   1.805  -2.247<br>HETATM   20  H20     2     2       6.018   1.286  -2.742<br>
HETATM   21  H21     2     2       4.300   1.615  -2.864<br>HETATM   22  CA      2     2      -4.587   1.582   1.127<br>HETATM   23  H23     2     2      -5.682   1.638   1.161<br>HETATM   24  H24     2     2      -4.298   0.792   1.828<br>
HETATM   25  CA      2     2       0.235   0.836   0.028<br>HETATM   26  H26     2     2      -0.616   0.818   0.720<br>HETATM   27  H27     2     2       1.117   0.581   0.625<br>HETATM   28  CA      2     2       4.981   1.206  -0.852<br>
HETATM   29  H29     2     2       4.152   1.720  -0.350<br>HETATM   30  H30     2     2       5.867   1.381  -0.234<br>HETATM   31  CB      2     2      -4.129   1.184  -0.291<br>HETATM   32  H32     2     2      -4.398   1.981  -0.995<br>
HETATM   33  H33     2     2      -3.041   1.101  -0.315<br>HETATM   34  CB      2     2       0.034  -0.248  -1.048<br>HETATM   35  H35     2     2      -0.851  -0.016  -1.650<br>HETATM   36  H36     2     2       0.890  -0.242  -1.730<br>
HETATM   37  CB      2     2       4.702  -0.306  -0.866<br>HETATM   38  H38     2     2       3.772  -0.519  -1.404<br>HETATM   39  H39     2     2       5.504  -0.809  -1.420<br>HETATM   40  CD2     2     2      -6.169  -1.597  -1.527<br>
HETATM   41  H41     2     2      -6.700   0.434  -1.148<br>HETATM   42  CE1     2     2      -4.945  -2.182  -1.371<br>HETATM   43  H43     2     2      -7.118  -1.976  -1.868<br>HETATM   44  H44     2     2      -4.663  -3.203  -1.569<br>
HETATM   45  CD2     2     2      -1.054  -3.462   0.297<br>HETATM   46  H46     2     2      -2.230  -1.848  -0.502<br>HETATM   47  CE1     2     2       0.307  -3.542   0.421<br>HETATM   48  H48     2     2      -1.844  -4.148   0.553<br>
HETATM   49  H49     2     2       0.898  -4.352   0.820<br>HETATM   50  CD2     2     2       3.845  -1.970   2.274<br>HETATM   51  H51     2     2       2.694  -1.850   0.476<br>HETATM   52  CE1     2     2       5.086  -1.451   2.534<br>
HETATM   53  H53     2     2       3.156  -2.545   2.870<br>HETATM   54  H54     2     2       5.660  -1.519   3.446<br>HETATM   55  CG      2     2      -4.687  -0.117  -0.776<br>HETATM   56  CG      2     2      -0.105  -1.625  -0.478<br>
HETATM   57  CG      2     2       4.625  -0.891   0.514<br>HETATM   58  NE2     2     2      -5.991  -0.283  -1.145<br>HETATM   59  ND1     2     2      -4.033  -1.258  -0.903<br>HETATM   60  NE2     2     2      -1.303  -2.236  -0.278<br>
HETATM   61  ND1     2     2       0.892  -2.392  -0.062<br>HETATM   62  NE2     2     2       3.558  -1.605   0.977<br>HETATM   63  ND1     2     2       5.566  -0.779   1.434<br><br>-- <br>--<br>Jacob Harvey<br><br>Graduate Student<br>
<br>University of Massachusetts Amherst<br><br><a href="mailto:j.harv8@gmail.com">j.harv8@gmail.com</a><br>