Yeah I only gave a partial. Tried to remove the QM params. I do use constraints = all-bonds.<div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 8, 2009 at 9:18 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">You say &quot;I run all he sims with constraints=all-bonds&quot;, but I don&#39;t see that in the mdp options that you provided. I even put your text in a file and grepped for it just to be sure. Did you only give us a partial mdp file?<br>

<br>
Try adding this to your mdp file:<br>
<br>
constraints         =  all-bonds          ; REMOVE_FOR_EM<br>
constraint_algorithm=  lincs              ; REMOVE_FOR_EM<br>
lincs-iter          =  1                  ; REMOVE_FOR_EM<br>
lincs-order         =  6                  ; REMOVE_FOR_EM<br>
<br>
see, for example,<br>
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/037545.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/037545.html</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-November/037673.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-November/037673.html</a><br>
<br>
--- original message ---<br>
<br>
<br>
Hi Chris,<br>
When I create the topology for the 4fs timestep I use pdb2gmx -vsite h. I<br>
set up the correct constraints. I&#39;ve tested it and it conserves energy in<br>
NVE. I run all he sims with constraints=all-bonds. I am now running a single<br>
water box (800 water molecules) with 1s time steps and the volume keeps<br>
blowing up.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Ilya<br>
<br>
<br>
On Wed, Apr 8, 2009 at 8:37 AM, &lt;chris.neale at <a href="http://utoronto.ca" target="_blank">utoronto.ca</a>&gt; wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Ilya,<br>
<br>
If you did include the entire mdp file then you have a time step of 4 fs<br>
and no constraints (other than water). For a timestep of 2 fs, you should<br>
constrain all-bonds (or some would say at least h-bonds) and for 4 fs then<br>
you should also constrain angles involving hydrogens (need a new .itp file<br>
for this).<br>
<br>
Can you try with a 1 fs timestep and see how it goes? Still, I am surprised<br>
that everything works out at NVT, but this is certainly worth the test.<br>
<br>
Do you have other systems running fine with these mdp options in NVT?<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
HI Chris,<br>
<br>
On Tue, Apr 7, 2009 at 9:31 PM, &lt;chris.neale at <a href="http://utoronto.ca" target="_blank">utoronto.ca</a>&gt; wrote:<br>
<br>
 Hi Ilya,<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
First thing that comes to mind is that it is strange to couple a coulombic<br>
switching function with PME. While this could possibly be done correctly,<br>
I<br>
doubt that it is in fact done in the way that you expect (i.e. correctly)<br>
in<br>
gromacs. In fact, I think that grompp/mdrun should probably throw an error<br>
here -- unless it is actually handled in the proper way, and a developer<br>
could help you here to figure out if you are indeed getting what you<br>
desire.<br>
<br>
coulombtype              = PME<br>
rcoulomb-switch          = .9<br>
rcoulomb                 = 1.0<br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
I am pretty sure gromacs ignores the rcoulomb-switch parameter in the case<br>
of PME but I will give it a try.<br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
However, it is not clear to me that this should cause a system to<br>
&quot;continuously expand&quot;.<br>
<br>
Still, you do not give very good information about what you mean by<br>
&quot;continuously expand&quot;. Can you please provide some information on that?<br>
e.g.<br>
amount of time and total volume change.<br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
My box density goes from ~1.0 to .5 in 5 ps with a compressibility of<br>
5E-05.<br>
 It goes from ~1.0 to .94 in 300 ps with a compressibility of 5E-06. In<br>
both<br>
case the slope of density(t) is negative and never levels off.<br>
<br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Chris<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hi<br>
I am having some pressure coupling issues. I have a fairly large<br>
protein/water system 400K+ atoms. It minimizes just fine (F &lt; 1000). If I<br>
run NVE it conserves energy with appropriate parameter settings. If I run<br>
NVT it is stable. When I turn on Pcoupl (i.e. Berendsen or Parinello<br>
Rahman), the system just continuously expands. My parameters are as<br>
follows.<br>
Any ideas?<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Ilya<br>
<br>
;<br>
;       File &#39;mdout.mdp&#39; was generated<br>
;       By user: relly (508)<br>
;       On host: <a href="http://master.simprota.com" target="_blank">master.simprota.com</a><br>
;       At date: Fri Mar  6 20:17:33 2009<br>
;<br>
<br>
; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<br>
; Preprocessor information: use cpp syntax.<br>
; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/hoe<br>
include                  =<br>
; e.g.: -DI_Want_Cookies -DMe_Too<br>
define                   =<br>
<br>
; RUN CONTROL PARAMETERS<br>
integrator               = md<br>
; Start time and timestep in ps<br>
tinit                    = 0<br>
dt                       = 0.004<br>
;nsteps                   = 250000<br>
nsteps                   = 2500000<br>
; For exact run continuation or redoing part of a run<br>
; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files<br>
separate)<br>
simulation_part          = 1<br>
init_step                = 0<br>
; mode for center of mass motion removal<br>
comm_mode                = linear<br>
; number of steps for center of mass motion removal<br>
nstcomm                  = 1<br>
; group(s) for center of mass motion removal<br>
comm_grps                = system<br>
<br>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>
nstxout                  = 0<br>
nstvout                  = 0<br>
nstfout                  = 0<br>
<br>
; Output frequency for energies to log file and energy file<br>
nstlog                   = 10<br>
nstenergy                = 10<br>
; Output frequency and precision for xtc file<br>
nstxtcout                = 250<br>
xtc-precision            = 1000<br>
; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can<br>
; select multiple groups. By default all atoms will be written.<br>
xtc-grps                 = protein<br>
; Selection of energy groups<br>
energygrps               =<br>
<br>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>
; nblist update frequency<br>
nstlist                  = 5<br>
; ns algorithm (simple or grid)<br>
ns_type                  = grid<br>
; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>
pbc                      = xyz<br>
periodic_molecules       = no<br>
; nblist cut-off<br>
rlist                    = 1.0<br>
<br>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
; Method for doing electrostatics<br>
coulombtype              = PME<br>
rcoulomb-switch          = .9<br>
rcoulomb                 = 1.0<br>
; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field<br>
epsilon-r                = 80<br>
epsilon_rf               = 1<br>
; Method for doing Van der Waals<br>
vdw-type                 = Switch<br>
; cut-off lengths<br>
rvdw-switch              = .9<br>
rvdw                     = 1.0<br>
; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>
DispCorr                 = EnerPres<br>
; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off<br>
table-extension          = 1<br>
; Seperate tables between energy group pairs<br>
energygrp_table          =<br>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>
fourierspacing           = 0.12<br>
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>
fourier_nx               = 0<br>
fourier_ny               = 0<br>
fourier_nz               = 0<br>
; EWALD/PME/PPPM parameters<br>
pme_order                = 4<br>
ewald_rtol               = 1.e-05<br>
ewald_geometry           = 3d<br>
epsilon_surface          = 0<br>
optimize_fft             = no<br>
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>
; Temperature coupling<br>
Tcoupl                   = V-rescale<br>
; Groups to couple separately<br>
tc-grps                  = System<br>
; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>
tau_t                    = 0.1<br>
ref_t                    = 298.0<br>
; Pressure coupling<br>
Pcoupl                   = Berendsen<br>
Pcoupltype               = Isotropic<br>
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>
tau_p                    = 10<br>
compressibility          = 4.5e-5<br>
ref_p                    = 1.01325<br>
; Scaling of reference coordinates, No, All or COM<br>
refcoord_scaling         = No<br>
; Random seed for Andersen thermostat<br>
andersen_seed            = 815131<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>