Hello sir,<br><br>Thanks for such a explanatory tutorial.<br>I am stuck with one error now.<br>I have protein, popc, sol and cl- in my system.<br>I have merged the sol and cl- using make_ndx.<br>But when I run grompp I get the error like this &quot;popc not defined in the index file&quot;.<br>
The grompp command : grompp -f pr.mdp -c box_em.pdb -p topol.top -o box_pr.tpr<br>Any suggestions please.<br><b><br>pr.mdp file :</b><br>title               =  protein in popc bilayer<br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>
define              =  -DPOSRES -DPOSRES_LIPID<br>constraints         =  all-bonds<br>constraint-algorithm=  Lincs<br>integrator          =  md<br>dt                  =  0.002    <br>nsteps              =  5000    <br>nstcomm             =  1<br>
nstxout             =  50<br>nstvout             =  1000<br>nstfout             =  0<br>nstlog              =  10<br>nstenergy           =  10<br>nstlist             =  10<br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  1<br>
coulombtype         =  PME<br>rcoulomb            =  1<br>vdw-type            =  Cut-off<br>rvdw                =  1<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>tcoupl              = berendsen<br>tc_grps             = Protein POPC SOL_CL-<br>
tau_t               = 0.1 0.1 0.1 <br>ref_t               = 300 300 300<br>; Energy monitoring<br>energygrps        =  Protein POPC SOL_CL-<br>; Pressure coupling is on<br>;Pcoupl              =  berendsen<br>tau_p               =  2.0 2.0<br>
compressibility     =  4.5e-5 4.5e-5<br>ref_p               =  1.0 1.0<br>Pcoupl_type         =  semiisotropic<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>gen_vel             =  yes<br>gen_temp            =  300.0<br>gen_seed            =  173529<br>
<br>Thanking you,<br>Pawan<br>