<div>hello sir,</div>
<div> </div>
<div>Thankyou for the reply.</div>
<div>The pdb file i had taken from the TINKER is the one where force field used is oplsaa.</div>
<div> </div>
<div>when i use this file in <a href="http://gromacs.it">gromacs.it</a> give error of atom type.</div>
<div>when i had gone in top folder which is in gromacs where all the force fields are defined.</div>
<div>its written that you must define it yourself.</div>
<div>i don&#39;t know how to do that.</div>
<div> </div>
<div>My peptide is Ace-Arg-Pro-Val-Thr-NMe</div>
<div>its giving error in the atom type of NMe(N-methyl)</div>
<div>i had changed its name from NMe to NAC as defined in the forcefield.</div>
<div>But another error came for Ace i.e. its CH3 atomtype not found.</div>
<div> </div>
<div>Tell me want to do.</div>
<div>Should i send you my pdb file???</div>
<div>So that u can help me better.</div>
<div> </div>
<div>with regards</div>
<div>Bhawana</div>
<div> </div>
<div> </div>