
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">

<META content="MSHTML 6.00.6000.16809" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=518564104-09042009><FONT face=Arial 

color=#0000ff size=2>Well, as the error says, popc isn't defined in the index 

file.&nbsp; <SPAN class=518564104-09042009><FONT face=Arial color=#0000ff 

size=2>Seems grompp is looking for a popc entry in the index file, and can't 

find it.</FONT></SPAN>&nbsp; So, I would hazard to say, you need to define 

it.</FONT></SPAN></DIV>

<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=518564104-09042009><FONT face=Arial 

color=#0000ff size=2></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>

<DIV dir=ltr align=left><FONT size=2>Catch ya,<BR><BR>Dr. Dallas 

Warren<BR>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<BR>Pharmacy and 

Pharmaceutical Sciences, Monash University<BR>381 Royal Parade, Parkville VIC 

3010<BR>dallas.warren@pharm.monash.edu.au<BR>+61 3 9903 

9167<BR>---------------------------------<BR>When the only tool you own is a 

hammer, every problem begins to resemble a nail.</FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2></FONT>&nbsp;</DIV><BR>

<BLOCKQUOTE 

style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">

  <DIV class=OutlookMessageHeader lang=en-us dir=ltr align=left>

  <HR tabIndex=-1>

  <FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> gmx-users-bounces@gromacs.org 

  [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <B>On Behalf Of </B>Pawan 

  Kumar<BR><B>Sent:</B> Thursday, 9 April 2009 2:39 PM<BR><B>To:</B> 

  jalemkul@vt.edu; Discussion list for GROMACS users<BR><B>Subject:</B> Re: 

  [gmx-users] Membrane protein tutorial<BR></FONT><BR></DIV>

  <DIV></DIV>Hello sir,<BR><BR>Thanks for such a explanatory tutorial.<BR>I am 

  stuck with one error now.<BR>I have protein, popc, sol and cl- in my 

  system.<BR>I have merged the sol and cl- using make_ndx.<BR>But when I run 

  grompp I get the error like this "popc not defined in the index file".<BR>The 

  grompp command : grompp -f pr.mdp -c box_em.pdb -p topol.top -o 

  box_pr.tpr<BR>Any suggestions please.<BR><B><BR>pr.mdp file 

  :</B><BR>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; protein in popc 

  bilayer<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  /usr/bin/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; -DPOSRES 

  -DPOSRES_LIPID<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; all-bonds<BR>constraint-algorithm=&nbsp; 

  Lincs<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  <BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  <BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  50<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  10<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  10<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 1<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  1<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  Cut-off<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 1<BR>; Berendsen temperature coupling is on in two 

  groups<BR>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  = 

  berendsen<BR>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  = Protein POPC 

  SOL_CL-<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  = 0.1 0.1 0.1 

  <BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  = 300 300 300<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  &nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein POPC SOL_CL-<BR>; Pressure coupling is 

  on<BR>;Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  berendsen<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 2.0 2.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5 

  4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 1.0 1.0<BR>Pcoupl_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; semiisotropic<BR>; Generate velocites is on at 300 

  K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 

  300.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

  =&nbsp; 173529<BR><BR>Thanking you,<BR>Pawan<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>