What about use for commercial purposes?<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 9, 2009 at 1:31 AM, FyD <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fyd@q4md-forcefieldtools.org">fyd@q4md-forcefieldtools.org</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear All,<br>
<br>
I am pleased to announce the release of R.E.D. Server available @ <a href="http://q4md-forcefieldtools.org/REDS/" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/REDS/</a>.<br>
<br>
R.E.D. Server provides the software and hardware (i. e. a cluster of computers) required for the derivation of highly effective and reproducible RESP and ESP atomic charge values embedded in force field libraries suitable for molecular dynamics simulations. R.E.D. Server interfaces the last stable version of the RESP ESP charge Derive program (R.E.D. IV April 2009 so far) developed by the q4md force field tools team, and provides the binaries for the last versions of the Gaussian, GAMESS-US, or the PC-GAMESS/Firefly program, and for the RESP program. More generally, the last developments in term of RESP and ESP charge derivation carried out by the q4md force field tools team will be provided through R.E.D. Server. The release of these new developments will be carried out from time to time, and the description of those last features released in R.E.D. Server is available at the &quot;R.E.D. Server news&quot; web page.<br>

<br>
By involving multiple molecules, multiple conformations and multiple orientations in charge derivation and by handling specific charge constraints during the fitting step, R.E.D. IV allows building complex force field topology database or FFTopDB corresponding to the simultaneous generation of numerous molecular fragments (N-terminal, C-terminal and central amino acid fragments, 5&#39;- or Y&#39;-terminal, 3&#39;- or X&#39;-terminal and central nucleotide fragments as well as monosaccharide and metal complex fragments) in a single execution. The all atom or united-carbon force field library model can be in-differentially generated. A procedure to study the impact of the various charge constraints required during the fitting step of a molecular fragment has been implemented allowing users to compare charge values, and thus to validate or reject charge sets.<br>

<br>
The use of R.E.D. Server and R.E.D. IV is described in Frequently Asked Questions <a href="http://q4md-forcefieldtools.org/REDS/faq.php" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/REDS/faq.php</a> as well as in a specific tutorial <a href="http://q4md-forcefieldtools.org/Tutorial/Tutorial-3.php" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/Tutorial/Tutorial-3.php</a>.<br>

<br>
Academic users involved in non-profit research are authorized to use R.E.D. Server. The use of R.E.D. Server is provided at no cost after signing a license agreement. The PI (principal investigator or Director of a laboratory) and the PU (R.E.D. Server principal user) have to register and sign a license agreement to be authorized to use R.E.D. Server.<br>

<br>
A general public help is provided with the q4md-forcefieldtools mailing list. Any researcher can participate in this mailing list by answering and/or sending queries at <a href="mailto:q4md-fft@q4md-forcefieldtools.org" target="_blank">q4md-fft@q4md-forcefieldtools.org</a> after registration at <a href="mailto:sympa@q4md-forcefieldtools.org" target="_blank">sympa@q4md-forcefieldtools.org</a>. Archives of the q4md-fft mailing list are public. A private assistance is also available for registered users from the &quot;Assistance&quot; Service available at the R.E.D. Server Home page. We are registered in the AMBER and CCL mailing lists, and we will answer to the queries about the q4md force field tools in these mailing lists as well.<br>

<br>
The R.E.D. III.2 tools distributed in a standalone version at <a href="http://q4md-forcefieldtools.org/RED/" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/RED/</a>, the RESP ESP charge DDataBase (or R.E.DD.B. <a href="http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/</a>) which allows freely storing and distributing RESP and ESP charges embedded in force field libraries in the scientific community and R.E.D. Server constitute to the best of our knowledge unique tools.<br>

<br>
regards,<br>
<br>
           F.-Y. Dupradeau<br>
                 ---<br>
<a href="http://q4md-forcefieldtools.org/FyD/" target="_blank">http://q4md-forcefieldtools.org/FyD/</a><br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>