<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>i am running MD on a system where a protien and a small peptide chain are placed closely. After running the simulation when i was analyzing the system, i got a rmsd plot with numerous bumps. For creating the xtc file i tried different options like -pbc nojump/whole etc and also -center tric, still i am getting the rmsd plot with those bumps. Further i analysed the rmsd for the protein and peptides seperatley which come up well.<br>&nbsp; I request all the members to please provide me guidanceor possible pathway to solve this issue. Your help will be highly appreciated.<br><br>Amit<br><br></td></tr></table><br>
      <!--6--><hr size=1></hr> Add more friends to your messenger and enjoy! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_messenger_6/*http://messenger.yahoo.com/invite/"> Invite them now.</a>