<div>Hi, Mark:</div>
<div> </div>
<div>I want to check the chain length of DNA on the translocation time through a nanopore. So the DNA chains with different polymerization but the same monomer structure is necessary. How can I solve this problem?</div>
<div> </div>
<div>Does anybody has a optimized DNA pdb file for GMX simulation? </div>
<div> </div>
<div>Thanks a lot!!</div>
<div> </div>
<div>      Ming<br><br></div>
<div class="gmail_quote">2009/4/10 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im">li ming wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi, all...<br> I have a question on the pdb files of DNA:<br> How can I obtain an appropriate DNA pdb file for GMX simulation? I just download some pdb files from Internet, but it is not compatible for GMX, saying that the residue was not found in rtp file. How can I solve this problem? Are the references available on this problem?<br>
</blockquote><br></div>Perhaps you should start by searching for some tutorial material with emphasis on these types of simulation. 
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Furthermore, if I want to get several DNA pdb files with increasing degree of polymerization (such as 10, 20, 50 etc.). How can I achieve this goal? <br>
</blockquote><br></div>This may or may not be easy to achieve, but you should start by describing it more fully. What are you wanting to polymerize, and what do you mean by that word?<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ming Li<br>Institute of Chemistry,Chinese Academy of Sciences<br>
Zhongguancun, Beijing, 100080, P. R. China<br>Tel: +86-10-13811601014 / 62564829<br>E-mail: <a href="mailto:liming@iccas.ac.cn">liming@iccas.ac.cn</a> / <a href="mailto:mingli1986@gmail.com">mingli1986@gmail.com</a><br>...........................................................................................<br>
Knowledge is a city to the building of which every human being brought a stone.<br><br><br>