<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 11, 2009 at 8:13 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
<br>
Joe Joe wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi Justin,<br>
<br>
Thanks for helping me with this. <br></div><div class="im">
On Sat, Apr 11, 2009 at 4:46 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Joe Joe wrote:<br>
<br></div><div class="im">
        How do I determine what those values should be? How does it<br>
        affect the simulation?<br>
<br>
<br>
    The header of your log file should have printed what the initial<br>
    guesses were. The -dd option sets how many PP nodes there are in the<br>
    domain decomposition; using 4 cores, there are probably 3 PP: 1 PME,<br>
    so you probably can&#39;t tweak this option, really.<br>
<br>
<br>
I do not get it. the input to -dd is a vector. What to the elements of the vector represent?<br>
</div></blockquote>
<br>
The number of DD grid cells per axis.  For example, 3 1 1 means 2 divisions along the x axis to give 3 DD cells, 1 cell in each the y- and z-axis for a total of 3 cells.  -dd 3 2 1 gives 3 x-cells, 2 y-cells, and 1 z-cell for a total of 6 DD cells.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
<br>
    The -rcon option is explained in mdrun -h or the manual.  See what<br>
    mdrun guessed, then increase this value.<br>
<br>
<br>
I tried -rcon 3.0 and got the same error. The error only occurs when I do the exchange. If I increase the replex from 500 to 1000 then I do not see the error for 1000 steps. How is the replex associated with the domain decomposition?<br>

</blockquote>
<br></div>
I don&#39;t know the specifics here.  There may be some incompatibility between DD and virtual sites; I know there were some bugs in previous versions.  What kind of virtual sites are you using?  Does the run work successfully with -dd turned off (i.e., mdrun -pd)?</blockquote>
<div><br></div><div>I am using pdb2gmx -vsite h so I can run 4fs time steps, so virtual hydrogens. I will try with -pd and see what happens.  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
<br>
<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        thanks,<br>
<br>
        Ilya<br>
<br>
<br>
        On Fri, Apr 10, 2009 at 8:00 PM, Justin A. Lemkul<br>
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div><div><div></div><div class="h5">
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
           Joe Joe wrote:<br>
<br>
               Hi All,<br>
<br>
               I get the following error when running replica exchange.<br>
        I have<br>
               32 replica&#39;s with each replica running on 4 processors (128<br>
               total). How do I decrease the domain decomposition cell size,<br>
               -dss? What should I set it to?<br>
<br>
<br>
           &lt;snip&gt;<br>
<br>
           You&#39;re getting some hints from mdrun, I&#39;d start there:<br>
<br>
<br>
               -------------------------------------------------------<br>
               Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.4<br>
               Source code file: domdec_con.c, line: 679<br>
<br>
               Fatal error:<br>
               DD cell 5 0 0 could only obtain 96 of the 108 atoms that are<br>
               connected via vsites from the neighboring cells. This<br>
        probably<br>
               means your vsite lengths are too long compared to the domain<br>
               decomposition cell size. Decrease the number of domain<br>
               decomposition grid cells or use the -rcon option of mdrun.<br>
               -------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
           ...So manually set -dd and/or -rcon.<br>
<br>
           -Justin<br>
<br>
           --    ========================================<br>
<br>
           Justin A. Lemkul<br>
           Graduate Research Assistant<br>
           ICTAS Doctoral Scholar<br>
           Department of Biochemistry<br>
           Virginia Tech<br>
           Blacksburg, VA<br></div></div>
           jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="im">
<br>
        231-9080<br>
<br>
           <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
           ========================================<br>
           _______________________________________________<br>
           gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
           <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
           Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
           posting!<br>
           Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
           interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
           Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Graduate Research Assistant<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>