It works just fine without RE.<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 11, 2009 at 8:49 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Joe Joe wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi Justin,<br>
<br>
Thanks for helping me with this. <br></div><div class="im">
On Sat, Apr 11, 2009 at 4:46 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Joe Joe wrote:<br>
<br></div><div class="im">
        How do I determine what those values should be? How does it<br>
        affect the simulation?<br>
<br>
<br>
    The header of your log file should have printed what the initial<br>
    guesses were. The -dd option sets how many PP nodes there are in the<br>
    domain decomposition; using 4 cores, there are probably 3 PP: 1 PME,<br>
    so you probably can&#39;t tweak this option, really.<br>
<br>
<br>
I do not get it. the input to -dd is a vector. What to the elements of the vector represent?<br>
<br>
<br>
<br>
    The -rcon option is explained in mdrun -h or the manual.  See what<br>
    mdrun guessed, then increase this value.<br>
<br>
<br>
I tried -rcon 3.0 and got the same error. The error only occurs when I do the exchange. If I increase the replex from 500 to 1000 then I do not see the error for 1000 steps. How is the replex associated with the domain decomposition?  <br>

</div></blockquote>
<br>
If the problem only occurs at replica exchange steps, then something is wrong with the interaction of at least two of RE / virtual sites/ DD. Try the same (multi-)simulation twice, once without replica exchange and once using particle decomposition to troubleshoot .<br>
<font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>