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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I have no clue why you would want to fix the peptide in the middle of the box.<br>But what you want seems to be more like com removal for the peptide only<br>with the comm options.<br>The pull code will do approximately what you want, but with pressure coupling<br>there is the problem that your peptide will stay fixed in space, while the rest<br>of the system has to scale around it.<br><br>In general there are problems with absolute reference pulling, because you just<br>fix the location of the pull group, whereas the rest of the system can freely move,<br>thus the net effect is zero, except for lots of nasty artifacts when you change<br>the pull position too fast.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 16 Apr 2009 10:27:04 -0400<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] pull code absolute reference artifacts<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I have a question about the following grompp 4.0.4 warning:<br>&gt; <br>&gt; "You are using an absolute reference for pulling, but the rest of the  <br>&gt; system does not have an absolute reference. This will lead to  <br>&gt; artifacts."<br>&gt; <br>&gt; While I do realize that this is an excellent error message containing  <br>&gt; lots of information, I am still unclear about how to proceed. Why does  <br>&gt; my system not have an absolute reference? Is it because I have pbc and  <br>&gt; center of mass motion removal? Exactly what types of artifacts are  <br>&gt; expected? Is there a simple solution?<br>&gt; <br>&gt; I am trying to hold my peptide in the center of a water box. I realize  <br>&gt; that there is no "center" and everything in pbc, but I need to do it  <br>&gt; nevertheless.<br>&gt; <br>&gt; Here are my .mdp options:<br>&gt; <br>&gt; pull                = umbrella<br>&gt; pull_geometry       = distance<br>&gt; pull_dim            = Y Y Y<br>&gt; pull_ngroups        = 1<br>&gt; ;pull_group0         =<br>&gt; pull_group1         = peptide_A<br>&gt; pull_k1             = 500<br>&gt; pull_init1          = 0.00<br>&gt; <br>&gt; nsteps              =  250000             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; tinit               =  49000              ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; dt                  =  0.004              ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstxout             =  250000             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstvout             =  250000             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstfout             =  250000             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstenergy           =  25000     ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstxtcout           =  25000     ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; nstlog              =  250000    ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; gen_vel             =  no<br>&gt; unconstrained-start =  yes<br>&gt; <br>&gt; integrator          =  sd<br>&gt; gen_seed            =  -1<br>&gt; comm_mode           =  linear<br>&gt; nstcomm             =  1<br>&gt; comm_grps           =  System<br>&gt; nstlist             =  5<br>&gt; ns_type             =  grid<br>&gt; pbc                 =  xyz<br>&gt; coulombtype         =  PME<br>&gt; rcoulomb            =  0.9<br>&gt; fourierspacing      =  0.12<br>&gt; pme_order           =  4<br>&gt; vdwtype             =  cut-off<br>&gt; rvdw_switch         =  0<br>&gt; rvdw                =  1.4<br>&gt; rlist               =  0.9<br>&gt; DispCorr            =  EnerPres<br>&gt; Pcoupl              =  Berendsen          ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; pcoupltype          =  isotropic          ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; compressibility     =  4.5e-5             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; ref_p               =  1.                 ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; tau_p               =  4.0                ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; tc_grps             =  System             ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; tau_t               =  1.0                ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; ld_seed             =  -1                 ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; ref_t               =  300.               ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; gen_temp            =  300.               ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; constraints         =  all-bonds          ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; constraint_algorithm=  lincs              ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; lincs-iter          =  1                  ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; lincs-order         =  6                  ; REMOVE_FOR_EM<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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