
<html>

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.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

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</head>

<body class='hmmessage'>

&nbsp;<BR>

Hello,<BR>

I am trying to do a -rerun simulation in Gromacs 4.0.4 to calculate the interaction energy between 2 residues using the trajectory I already had&nbsp;from the previous simulation:<BR>

&nbsp;<BR>

&nbsp;/gpfs/apps/GROMACS/4.0.4/bin/mdrun -v -deffnm E_interaccion_Asp -dlb auto -rerun equilibrado3_19.xtc<BR>

&nbsp;<BR>

I am having very strange results, since the calculation finishes without errors, however, when I look at the .log file I found that all the Energetic terms are just the same for all steps; you can see here a piece of the log file, they are identical for each step:<BR>

&nbsp;<BR>

-----------------------------------------------------------------------<BR>

Charge group distribution at step 14000: 20243 20228 20307 20264 20218 20237 20184 20187 20125 20139 20268 20231 20251 20134 20223 20180<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>

&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.06349e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.40143e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.04094e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39048e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.14284e+04<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.86844e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.07537e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.73300e+05&nbsp;&nbsp; -6.98493e+04&nbsp;&nbsp; -1.05915e+07<BR>&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature<BR>&nbsp;&nbsp; -3.83299e+06&nbsp;&nbsp; -1.26398e+07&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.11453e+06&nbsp;&nbsp; -9.52530e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.64769e+02<BR>&nbsp;Pressure (bar)&nbsp; Cons. rmsd ()<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.71651e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>

DD&nbsp; step 14999 load imb.: force&nbsp; 3.1%&nbsp; pme mesh/force 0.777<BR>

Charge group distribution at step 15000: 20243 20228 20307 20264 20218 20237 20184 20187 20125 20139 20268 20231 20251 20134 20223 20180<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>

&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp; Improper Dih.<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.06349e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.40143e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.04094e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39048e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.14284e+04<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.86844e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.07537e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.73300e+05&nbsp;&nbsp; -6.98493e+04&nbsp;&nbsp; -1.05915e+07<BR>&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature<BR>&nbsp;&nbsp; -3.83299e+06&nbsp;&nbsp; -1.26398e+07&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.11453e+06&nbsp;&nbsp; -9.52530e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.64769e+02<BR>&nbsp;Pressure (bar)&nbsp; Cons. rmsd ()<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.71651e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<BR>

DD&nbsp; step 15999 load imb.: force&nbsp; 3.3%&nbsp; pme mesh/force 0.792<BR>

Charge group distribution at step 16000: 20243 20228 20307 20264 20218 20237 20184 20187 20125 20139 20268 20231 20251 20134 20223 20180<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<BR>

---------------------------------------------------------------------------------------------------<BR>

&nbsp;<BR>

Could anyone tell me what could be wrong?<BR>

&nbsp;<BR>

Thank you very much in advance for your help.<BR>

&nbsp;<BR>

Best wishes,<BR>

&nbsp;<BR>

Rebeca Garcia<BR>

Parc Cientific de Barcelona<BR>

<A href="mailto:regafan@hotmail.com">regafan@hotmail.com</A><BR><BR><br /><hr />Personaliza tu nuevo Windows Live y   <a href='http://www.windowslive.es ' target='_new'>hazlo único</a></body>

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