Hi,<br />
    I have a query regarding "g_cluster" output. <br />
I gave the command<br />
 g_cluster -f ../const_temp_20ns_0.pdb -s ../../md_0.tpr -sz -tr -cl -wcl 25 -cutoff  0.2<br />
<br />
It is written in the "clusters.log" file that the middle structures of each cluster is written in the <br />
"clusters.pdb" file. <br />
How is this "middle structure" obtained ? The coordinates of the middle structure do not match <br />
with any of the structures in that particular cluster. Is the " middle " structure same as the <br />
"average " structure. if so what is the criteria to get the "middle" structure.<br />
<br />
Any suggestions regarding this will be very helpful.<br />
<br />
Thanks in advance,<br />
Sarbani<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>