<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">Dear Gromacs Users,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">I am performing a MD simulation of a dimer in a dodecahedron box. The simulation stopped after 8 ns (power cut) and i had to restart to complete it fully to 12 ns. <o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">I then concatenated the two trajectories using trjcat<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">trjconv -f promd.trr -s proem.tpr -pbc nojump -o nojump.xtc<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">trjconv -f nojump.xtc -s proem.tpr -pbc mol -ur compact -center -boxcenter tric -o center.xtc<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">trjconv -f center.xtc -s proem.tpr -fit rot+trans -o fit.xtc<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">1. The above procedures does not center the molecule in the box. <o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">2. The box seems to shift from one corner to the center. Especially for the duration 8-12 ns (my restart run)<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">I feel I am missing something here. Kindly advice.<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">regards,<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt; LINE-HEIGHT: normal; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Arial','sans-serif'">nahren<o:p></o:p></SPAN></DIV></td></tr></table><br>