Dear Mark <br>Thanks for your consideration.<br>I am replying you again I think it will be more easy for u in understanding my problem.<br><br>as u ask- how many atoms is------Protein A- 5244<br>                                                 Protein B- 4658<br>

          And in one dmpc molecule there is 46 atoms  so in 128 it is 5888<br>
atoms<br>
<br>
&gt; can u suggest me how it is helpful in making correct topology file.<br>
<br>
As you wrote in your mail you should make two # ifdef POSRES section does it<br>
means separatly before addind .itp file of Protein A and Protein B????????<br>
<br>