<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 23, 2009 at 11:55 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: np command with GROMACS 4.0.4 (Vitaly V. Chaban)<br>
   2. Re: RMSD of Aminoacids (Mark Abraham)<br>
   3. problem in topology file of protein-lipid bilayer system for<br>
      grompp (nitu sharma)<br>
   4. validating gromacs installation 4.0.4 ( Y. U. Sasidhar )<br>
   5. Re: problem in topology file of protein-lipid bilayer     system<br>
      for grompp (Mark Abraham)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 22 Apr 2009 22:36:51 +0200<br>
From: &quot;Vitaly V. Chaban&quot; &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Re: np command with GROMACS 4.0.4<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:7138ee40904221336u626133d5mdcf42f1b47e70acd@mail.gmail.com">7138ee40904221336u626133d5mdcf42f1b47e70acd@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
If seems in the gmx versions above 4.0 &#39;-np&#39;  is not used. If I am not<br>
mistaken you should just point out the number of nodes in your queueing<br>
system while submitting the job.<br>
<br>
Vitaly<br>
<br>
<br>
&gt; I am trying to do my position restrained dynamic simulation on GROMACS<br>
&gt; 4.0.4, and I want to use 4 nodes on the cpu cluster available at my campus;<br>
&gt; I typed in the following grompp command:<br>
&gt;<br>
&gt; grompp -np 4 -f pr.mdp -c BR6_em.pdb -p BR6.top -o BR6_pr.tpr -n prot.ndx<br>
&gt; -maxwarn 10<br>
&gt;<br>
&gt; and it gave me the response that -np is an invalid command.<br>
&gt;<br>
&gt; How do I get grompp to rec. that I want to use 4  processors? Because my<br>
&gt; job<br>
&gt; script where I have specified 4 nodes, will not work unless I have np 4<br>
&gt; included in my grompp. I did see that it works with GROMACS 3.3.3...but is<br>
&gt; there a way to do it with 4.0.4?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks so much!<br>
&gt;<br>
&gt; Halie Shah<br>
&gt; University of Houston, TX U.S.<br>
&gt; Briggs Lab<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090422/363187da/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090422/363187da/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 23 Apr 2009 10:04:36 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] RMSD of Aminoacids<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49EFB094.9040908@anu.edu.au">49EFB094.9040908@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Andy Torres wrote:<br>
&gt; Hi, I&#39;m trying to compare two proteins with the same number of<br>
&gt; aminoacids with g_confrms, and it works all right, but it gives me the<br>
&gt; RMSD of the hole protein, and I need the distances (or deviations) of<br>
&gt; each aminoacid. I know this data shoul be there, but I don&#39;t know how to<br>
&gt; get it (I&#39;ve got the mean structure of each protein, calculated with<br>
&gt; g_rmsf, but this data is not fitted each other)<br>
<br>
Have a look at g_confrms -h. Probably with the right index groups<br>
constructed you can fit with one group and observe the RMSD with another.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 23 Apr 2009 10:31:10 +0530<br>
From: nitu sharma &lt;<a href="mailto:sharmanitu35@gmail.com">sharmanitu35@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] problem in topology file of protein-lipid bilayer<br>
        system for grompp<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:5fe39aa90904222201n7e5181c4p87111ffd86958741@mail.gmail.com">5fe39aa90904222201n7e5181c4p87111ffd86958741@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Dear Justin<br>
<br>
                            I am doing simulation of membrane protein .I<br>
follow your tutorial for that I think its perfect for that. But I am getting<br>
problem in doing inflategro step, I alredy discuss this problem with you but<br>
now I am starting everything fresh  I have completed upto concatanation of<br>
protein with lipid bilayer after that for packing of lipid around protein I<br>
am using inflategro script from teleman website . Problem came in second<br>
step of inflategro i.e for energy minimisation for this I need topology file<br>
of &quot;protein-lipid system&quot;.<br>
I am giving you information in detail i.e -<br>
for topology file I have made changes in topol.top file which I got from<br>
pdb2gmx command in first step for protein processing ,the topol .top file is<br>
like  this-<br>
File &#39;topol.top&#39; was generated<br>
;       By user: nitu (504)<br>
;       On host: localhost.localdomain<br>
;       At date: Thu Apr 16 23:20:48 2009<br>
;<br>
;       This is your topology file<br>
;       Grunge ROck MAChoS<br>
;<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>
<br>
; Include chain topologies<br>
#include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
#include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
<br>
; Include water topology<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>
#ifdef POSRES_WATER<br>
; Position restraint for each water oxygen<br>
[ position_restraints ]<br>
;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>
   1    1       1000       1000       1000<br>
#endif<br>
<br>
; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
Grunge ROck MAChoS<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound        #mols<br>
Protein_A           1<br>
Protein_B           1<br>
**********<br>
And the change topology file is like this-<br>
<br>
; Include forcefield parameters<br>
#include &quot;ffG53a6_lipid.itp&quot;<br>
<br>
; Include chain topologies<br>
#include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
#include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
<br>
#ifdef POSRES<br>
#include &quot;posre_A.itp&quot;<br>
#include &quot;posre_B.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
; Include DMPC chain topology<br>
#include &quot;dmpc.itp&quot;<br>
<br>
<br>
[ system ]<br>
; Name<br>
Protein in DMPC bilayer<br>
<br>
[ molecules ]<br>
; Compound        #mols<br>
Protein_A           1<br>
Protein_B           1<br>
DMPC               128<br>
<br>
but when I gave this topology file to grompp it shws error-<br>
no. of coordinates in coordinate file doesn,t mach the topology file .<br>
<br>
Can you suggest me something for making topology file for protein-lipid<br>
bilayer system. Is there any other method for making topology file ,I have<br>
read in mannual chapter 5 but there is also mentioned same method.<br>
If possible please help me becoz without solving this problem I can&#39;t move<br>
for furthur processing .<br>
<br>
* My gro file of protein shows 9902 atoms .<br>
As you ask in previous mail is .itp file have [ molecules ] section the<br>
answer is the .itp file haven&#39;t molecules section it have [molecule type ]<br>
section can it also create problem for topology file working.<br>
<br>
 Thanks a lot justin .<br>
I am waiting for your reply.<br>
<br>
Nitu sharma<br>
School of life sciences<br>
Jawaherlal Nehru University<br>
New delhi , India<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090423/45256e1c/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090423/45256e1c/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 23 Apr 2009 10:53:13 +0530<br>
From: &quot; Y. U. Sasidhar &quot; &lt;<a href="mailto:sasidhar@chem.iitb.ac.in">sasidhar@chem.iitb.ac.in</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] validating gromacs installation 4.0.4<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49EFFB41.3060204@chem.iitb.ac.in">49EFFB41.3060204@chem.iitb.ac.in</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Dear Users, I posted the following message a few days ago; So far I have<br>
not got any response. Searching archives also seem to indicate that<br>
people are facing similar problems. Some times modifying mdp options<br>
make the tests &quot;pass&quot; as we also observed ( see below ).<br>
<br>
Further the reference trajectories seem to be generated by versions<br>
3.2/3.3.<br>
<br>
Are there reference trajectories for 4.0.4?<br>
<br>
If some of the tests &quot;fail&quot;, does it mean gromacs is not computing as it<br>
should? the results can not be relied on?<br>
<br>
As of now numbers are compared to test pass/failure.<br>
<br>
Can physical properties - like rdf of spc water, diffusion constants<br>
etc- be used to test gromacs?<br>
<br>
I thank you very much for your time.<br>
<br>
The &quot;failures&quot; are presenting a dilemma. I hope I have done what I can<br>
as a user and hope to resolve the issue with your help.<br>
<br>
regards,<br>
<br>
Sasidhar<br>
<br>
PS: we notice that with double precision failures are less; further with<br>
version 3.2 the failures are less suggesting that numerical accuracies<br>
of machines, differences in algorithms, if any, used in different<br>
versions could be a cause for &quot;failures&quot;<br>
==============previously posted message=============<br>
<br>
<br>
<br>
Dear users,<br>
<br>
We have installed gmx 4.0.4 ( single precision, on cent os 4.3 ( 32 bit<br>
) on quad core dual xeon machine ( clock 2 GHz )<br>
<br>
Installation directions as given on the site followed.<br>
And the tests are run using the perl script provided plus test<br>
files/folders.<br>
<br>
We find many failures ( see below ); However, by changing mdp options<br>
all the tests &quot;passed&quot; as detailed below. For example, for the &quot;field&quot;<br>
test coulomb type changed to PME and the test passes with this change.<br>
<br>
The implication is that reference trajectory computed using cut-off<br>
&quot;matches&quot; with newly calculated trajectory using more accurate PME<br>
method. You can see more details below. **So did the tests really pass?**<br>
<br>
We understand energies, virials and forces are compared for all tests to<br>
report errors/failures.<br>
<br>
<br>
When we searched archives we did not find clear solutions to<br>
test-failure-problems. Wiki site does not give any further guidance.<br>
We have looked at wiki site.<br>
<br>
In the presence of failures it is not clear how to proceed further.<br>
<br>
Kindly guide us in upgrading to gmx 4.04 and &quot;clearing&quot; the tests.<br>
regards,<br>
Sasidhar<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
==========================================================================<br>
This is the output (before making any changes), when i get when i run the<br>
test script gmxtest.pl for 4.0.4 on gromacs-4.0.4.<br>
<br>
$ ./gmxtest.pl all<br>
All 16 simple tests PASSED<br>
FAILED. Check files in field<br>
FAILED. Check files in tip4p<br>
FAILED. Check files in tip4pflex<br>
FAILED. Check files in water<br>
4 out of 14 complex tests FAILED<br>
FAILED. Check files in kernel020<br>
FAILED. Check files in kernel120<br>
FAILED. Check files in kernel121<br>
FAILED. Check files in kernel122<br>
FAILED. Check files in kernel123<br>
FAILED. Check files in kernel124<br>
FAILED. Check files in kernel220<br>
FAILED. Check files in kernel221<br>
FAILED. Check files in kernel222<br>
FAILED. Check files in kernel223<br>
FAILED. Check files in kernel224<br>
FAILED. Check files in kernel320<br>
FAILED. Check files in kernel321<br>
FAILED. Check files in kernel322<br>
FAILED. Check files in kernel323<br>
FAILED. Check files in kernel324<br>
16 out of 63 kernel tests FAILED<br>
N      Reference   This test<br>
   10    -33.9883    -29.4637<br>
   11    -33.9883    -29.4637<br>
There were 2 differences in final energy with the reference file<br>
All 45 pdb2gmx tests PASSED<br>
pdb2gmx tests FAILED<br>
<br>
<br>
The tests which failed previously, passed when following changes were made<br>
to the grompp.mdp files of the failed test directories.<br>
<br>
1) field        : coulombtype : cut-off to PME<br>
2) tip4p        : tempcoupl   : berendsen to V-rescale<br>
3) tip4pflex    : vdwtype     : cut-off to shift<br>
4) water        : tempcoupl   : yes  to V-rescale<br>
<br>
5)kernel020-124 : coulombtype : cut-off to PME &amp; making rlist = rcoulomb<br>
6)kernel220-224 : coulombtype : recation-field-nec to PME &amp; making rlist =<br>
                                    rcoulomb<br>
<br>
7)kernel320-324 : coulombtype : switch to PME &amp; making rlist = rcoulomb.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Thu, 23 Apr 2009 16:24:39 +1000<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] problem in topology file of protein-lipid<br>
        bilayer system for grompp<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:49F009A7.9090108@anu.edu.au">49F009A7.9090108@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
nitu sharma wrote:<br>
&gt; Dear Justin<br>
&gt;<br>
&gt;                             I am doing simulation of membrane protein .I<br>
&gt; follow your tutorial for that I think its perfect for that. But I am<br>
&gt; getting problem in doing inflategro step, I alredy discuss this problem<br>
&gt; with you but now I am starting everything fresh  I have completed upto<br>
&gt; concatanation of protein with lipid bilayer after that for packing of<br>
&gt; lipid around protein I  am using inflategro script from teleman website<br>
&gt; . Problem came in second step of inflategro i.e for energy minimisation<br>
&gt; for this I need topology file of &quot;protein-lipid system&quot;.<br>
&gt; I am giving you information in detail i.e -<br>
&gt; for topology file I have made changes in topol.top file which I got from<br>
&gt; pdb2gmx command in first step for protein processing ,the topol .top<br>
&gt; file is like  this-<br>
&gt; File &#39;topol.top&#39; was generated<br>
&gt; ;       By user: nitu (504)<br>
&gt; ;       On host: localhost.localdomain<br>
&gt; ;       At date: Thu Apr 16 23:20:48 2009<br>
&gt; ;<br>
&gt; ;       This is your topology file<br>
&gt; ;       Grunge ROck MAChoS<br>
&gt; ;<br>
&gt; ; Include forcefield parameters<br>
&gt; #include &quot;ffG53a6.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; ; Include chain topologies<br>
&gt; #include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
&gt; #include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; ; Include water topology<br>
&gt; #include &quot;spc.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; #ifdef POSRES_WATER<br>
&gt; ; Position restraint for each water oxygen<br>
&gt; [ position_restraints ]<br>
&gt; ;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>
&gt;    1    1       1000       1000       1000<br>
&gt; #endif<br>
&gt;<br>
&gt; ; Include generic topology for ions<br>
&gt; #include &quot;ions.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; [ system ]<br>
&gt; ; Name<br>
&gt; Grunge ROck MAChoS<br>
&gt;<br>
&gt; [ molecules ]<br>
&gt; ; Compound        #mols<br>
&gt; Protein_A           1<br>
&gt; Protein_B           1<br>
&gt; **********<br>
&gt; And the change topology file is like this-<br>
&gt;<br>
&gt; ; Include forcefield parameters<br>
&gt; #include &quot;ffG53a6_lipid.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; ; Include chain topologies<br>
&gt; #include &quot;topol_A.itp&quot;<br>
&gt; #include &quot;topol_B.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; #ifdef POSRES<br>
&gt; #include &quot;posre_A.itp&quot;<br>
&gt; #include &quot;posre_B.itp&quot;<br>
&gt; #endif<br>
<br>
I think you&#39;ve been told before that this is garbage.<br>
[position_restraints] directives are components of a [moleculetype], and<br>
so must come before the [moleculetype] of a subsequent molecule. Your<br>
use of the last four #include preprocessing commands violates this. You<br>
should make two #ifdef POSRES sections appropriately.<br>
<br>
&gt; ; Include DMPC chain topology<br>
&gt; #include &quot;dmpc.itp&quot;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; [ system ]<br>
&gt; ; Name<br>
&gt; Protein in DMPC bilayer<br>
&gt;<br>
&gt; [ molecules ]<br>
&gt; ; Compound        #mols<br>
&gt; Protein_A           1<br>
&gt; Protein_B           1<br>
&gt; DMPC               128<br>
&gt;<br>
&gt; but when I gave this topology file to grompp it shws error-<br>
&gt; no. of coordinates in coordinate file doesn,t mach the topology file .<br>
<br>
OK, so do the arithmetic and see what the problem is.<br>
<br>
&gt; Can you suggest me something for making topology file for protein-lipid<br>
&gt; bilayer system. Is there any other method for making topology file ,I<br>
&gt; have read in mannual chapter 5 but there is also mentioned same method.<br>
&gt; If possible please help me becoz without solving this problem I can&#39;t<br>
&gt; move for furthur processing .<br>
&gt;<br>
&gt; * My gro file of protein shows 9902 atoms .<br>
&gt; As you ask in previous mail is .itp file have [ molecules ] section the<br>
&gt; answer is the .itp file haven&#39;t molecules section it have [molecule type<br>
&gt; ] section can it also create problem for topology file working.<br>
<br>
So you have 9902 atoms in your coordinate file. How many atoms are in<br>
protein A, protein B and the 128 copies of DMPC *according to their<br>
[moleculetype] definitions*?<br>
<br>
Mark</blockquote><div>Dear Mark<br>Thanks for your reply. as u ask- how many atoms is------Protein A- 5244<br>                                                                                 protein B- 4658<br>          And in one dmpc molecule there is 46 atoms  so in 128 it is 5888 atoms<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
can u suggest me how it is helpful in making correct topology file.</blockquote><div>As you wrote in your mail you should make two # ifdef POSRES section does it means separatly before addind .itp file of Protein A and Protein B???????? <br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 60, Issue 116<br>
******************************************<br>
</blockquote></div><br>