Hi,<br />
Actually I am not confused regarding the clustering method that is being used in default. I <br />
know that the method that is used is "Single linkage " method.<br />
<br />
I got to know the options that I had used in my "g_cluster" command after going through <br />
g_cluster -h.<br />
<br />
Regarding the command "g_cluster -cl -wcl" . it is written <br />
"-cl writes average (with option -av) or central structure of each cluster or<br />
writes numbered files with cluster members for a selected set of clusters (with option -wcl, <br />
depends on -nst and -rmsmin). "<br />
<br />
My question is how the average structure is obtained. I had written that it does not match <br />
with the members of the cluster, thus it signifies that it isn't writing that cluster member <br />
which is the cluster centre( determined through some criteria). <br />
It is not necessary for the average structure to be physically present in the cluster, but it is <br />
necessary to know how is it obtained. Moreover while going through the mailing lists, it was <br />
found that the average structures written by g_cluster were doubtful, though the Bug was <br />
reported to be removed.<br />
<br />
I just wanted to know whether the representative structures of the clusters are correct or <br />
not.<br />
<br />
Thanks in advance,<br />
Sarbani.<br />
<br />
On Wed, 22 Apr 2009 15:32:07 +0530 wrote<br />
>sarbani chattopadhyay wrote:<br />
>> Hi,<br />
>> I have a query regarding "g_cluster" output.<br />
>> I gave the command<br />
>> g_cluster -f ../const_temp_20ns_0.pdb -s ../../md_0.tpr -sz -tr -cl -wcl <br />
>> 25 -cutoff 0.2<br />
>> <br />
>> It is written in the "clusters.log" file that the middle structures of <br />
>> each cluster is written in the<br />
>> "clusters.pdb" file.<br />
>> How is this "middle structure" obtained ? The coordinates of the middle <br />
>> structure do not match<br />
>> with any of the structures in that particular cluster. Is the " middle " <br />
>> structure same as the<br />
>> "average " structure. if so what is the criteria to get the "middle" <br />
>> structure.<br />
><br />
>Start with g_cluster -h. That will tell you what the default clustering <br />
>algorithm you're using is, which may in turn indicate what the "middle" <br />
>of a cluster might mean. Obviously an average structure need not be a <br />
>member of the set (just as for a set of numbers) and need not be <br />
>physical either.<br />
><br />
>Mark<br />
>_______________________________________________<br />
>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br />
>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br />
>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br />
>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />
>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />
>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br />
><br />
<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>