<tt>Dear All,</tt><br>
<br>
<tt>         I just found that there is a problem when I extract the density</tt><br>
<tt>of water from my Gromacs simulations.</tt><br>
<br>
<tt>         When I used g_density to get the water density from .trr</tt><br>
<tt>trajectory file, the density plot looked normal. But when I used trjconv</tt><br>
<tt>to convert the .trr to .gro file, and then used g_density to get the</tt><br>
<tt>water density from .gro trajectory file, there was an unusual</tt><br>
<tt>periodicity in the densities. The density comparison plot is attached.</tt><br>
<br>
<tt>         I got the same density pattern by using our own code when</tt><br>
<tt>taking the .gro file as the input trajectory.  The bin size is .052nm</tt><br>
<tt>and the gro file is written with 3 decimal places, so there should be</tt><br>
<tt>enough resolution in the output to avoid artifacts.</tt><br>
<br>
<tt>         We are concerned about the integrity of the gro file produced</tt><br>
<tt>by trjconv because we need to analyze our trajectories and don&#39;t know a</tt><br>
<tt>better alternative than extracting coordinates with trjconv.</tt><br>
<br>
<tt>         Below are the scripts I used to convert the .trr to .gro and</tt><br>
<tt>extract the density:</tt><br>
<br>
<tt>  trjconv -f ***.trr -s ***.tpr -o ***.gro</tt><br>
<tt>       </tt><br>
<tt>  g_density -f ***.trr(***.gro) -s ***.tpr -o density.xvg -number -sl</tt><tt> 250<br><br>         The version of Gromacs is 3.3.3, with single precision.<br>         Thanks for your help.<br><br><br>Hui Zhang<br></tt>