Dear MARK <br><br>                     Now the problem of matching of topology file and coordinate file solved  but the other two errors come during running grompp in the second step of inflategro .<br>my command line is like this- grompp -f em.mdp -p topolinflate.top -c inflated_system.gro -o inflated-em.tpr<br>
<br>the error came is like this-<br>ERROR 1 [file topol_A.itp, line 29912]:<br>  No default Proper Dih. types<br><br><br>ERROR 2 [file topol_B.itp, line 26604]:<br>  No default Proper Dih. types<br><br>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_A&#39;<br>
Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein_B&#39;<br>Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;DMPC&#39;<br><br>NOTE 1 [file topolinflate.top, line 33]:<br>  System has non-zero total charge: -1.161999e+01<br>
  <br><br><br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br>renumbering atomtypes...<br>converting bonded parameters...<br><br>There was 1 note<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 4.0.3<br>Source code file: grompp.c, line: 986<br><br>Fatal error:<br>There were 2 errors in input file(s)<br>-------------------------------------------------------<br><br>can you suggest me what is the possible way to solve this problem and in case of note - system has non zero charge how can i make its neutral?????????????????????<br>
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