I am trying to run the simulation of protein ligand complex.<br>But after running the mdrun by giving command-&quot;grompp –f md. mdp –c pr.gro –p trp.top –o md.tpr &quot;<br>and then &quot;nohup mdrun –deffnm md &amp; &quot;<br>

the md.log file is showing the following message-<br>Step 11  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.01684 1.01684 1.01684<br><br>Step 13  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.947161 0.947161 0.947161<br>
<br>Step 14  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.01207 1.01207 1.01207<br><br>Step 15  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.18248 1.18248 1.18248<br><br>Step 16  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 0.867467 0.867467 0.867467<br>
<br>Step 16, time 0.032 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 0.099556 (between atoms 1396 and 1398) rms 0.028595<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
     21     23   30.8    0.1740   0.1569      0.1470<br>     38     40   32.0    0.1740   0.1583      0.1470<br>     54     56   33.0    0.1740   0.1588      0.1470<br>     56     57   30.6    0.1810   0.1623      0.1530<br>
     67     69   31.4    0.1740   0.1568      0.1470<br>    104    106   32.6    0.1740   0.1588      0.1470<br>    106    107   31.1    0.1811   0.1632      0.1530<br>    216    218   31.8    0.1741   0.1584      0.1470<br>
I am attaching my md.mdp file.Please help me in this regard.<br clear="all"><br>-- <br>Sheetal Arora<br>M.Tech(Biotechnology &amp; Medical Engg)<br><br>NIT Rourkela<br>