<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Respectable Experts</DIV>
<DIV>Thank you very much David. Yes the msd curve tries to improve if I run for 100ns. But my system is very small 1oxygen molecule in 255 molecules of water. I want to calculate the self diffusion coefficient of oxygen . What I have found that people do such simulations for mostly not more than 10 ns. I also got to see your paper on <STRONG>dynamic property of water/alcohol mixture</STRONG> where you have used time less than 10 ns.&nbsp;Which msd curve is to take ?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Another&nbsp;query : I want to simulate the system in a bit higher temperature 310&nbsp;K . What are the parameters&nbsp;I should change in the mdp file. I saw the previous mails about it.&nbsp;Eric says that only time step should be small in order to&nbsp;constrain the bonds. Are there any other things?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>