Dear all,<br><br>I am encountering problem in applying position restrain on my protein which is with lipid bilayer . Actually I want to do simulation of system protein-lipid bilayer to pack lipid around the protein for this  I want to keep my protein constant and lipid should move around this .I am doing this by applying strong position restrain on protein  with force constant 100000.<br>
But the restrain not working on protein.<br>I have included these lines in my topol_A.itp file and topol_B.itp file-<br>; Include position restrain file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre_A.itp&quot;<br>#endif<br> I have also included-<br>
<br>define              =  -DPOSRES in em.mdp file.<br>also edited posre.itp file with force constant 100000.<br><br>Even after doing these things the restrain not working on protein thats why my protein structure being disturbed .<br>
<br>Can any one help me in solving this problem.<br><br>Thanks a lot in advance.<br><br><br>Nitu sharma<br><br>