<br>Hi!<br><br>I have just completed a position restrained dynamics run on my protein with GROMACS 3.3.3 and I generated an xvg file with the g_energy command...I noticed in this that the energy for time step 0 was 0.88 (near 0) kj mol/S-1/N while the energy for time step 0.2ps was 1158....after this the rest of the time steps (up to 20ps) were roughly around 1150. I&#39;m wondering why the energy at the start is so low for my protein (which I energy minimized)...I assumed it would be near 1150. Is this a problem/what does it mean? Os it fine to move on and do an mdrun?<br>
<br>Thanks so much,<br>Halie Shah<br>University of Houston<br>Briggs Computational Biology Lab<br>