<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Hi,<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">I am trying to use parallel gromacs3.3.3  mdrun programme  .I have installed mpich2 in our quadcore machine. But I am having 3 problems:</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">   1. The scaling is very poor among 4 cores:
 varies between 30-70 %.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">    2. If I run the mdrun_mpi in background, the output log file cites following error: </div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">  "mpiexec_yethiraj22 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null"</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width:
 initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">3. The simulation also crashed citing error in the output log file: *** glibc detected *** mdrun_mpi: malloc(): memory corruption (fast): 0x000000000c37ea90 ***.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; "><br style="outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">Any help and suggestion in this regard will be highly appreciated.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px;
 margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">Thanks</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; line-height: 1.2em; ">Jagannath Mondal</div></span></td></tr></table><br>


      <!--1--><hr size=1></hr> Bollywood news, movie reviews, film trailers and more! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_movies_1/*http://in.movies.yahoo.com/?wm=n/"> Click here.</a>