<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<div>I am trying to use parallel gromacs3.3.3  mdrun programme  .I have installed mpich2 in our quadcore machine. But I am having 3 problems:</div><div>   1. The scaling is very poor among 4 cores: varies between 30-70 %.</div><div>    2. If I run the mdrun_mpi in background, the output log file cites following error: </div><div>  "mpiexec_yethiraj22 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null"</div><div>3. The simulation also crashed citing error in the output log file: *** glibc detected *** mdrun_mpi: malloc(): memory corruption (fast): 0x000000000c37ea90 ***.</div><div><br></div><div>Any help and suggestion in this regard will be highly appreciated.</div><div>Thanks</div><div>Jagannath Mondal</div></td></tr></table><br>


      <!--1--><hr size=1></hr> Cricket on your mind? Visit the ultimate cricket website. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_cricket_1/*http://beta.cricket.yahoo.com"> Enter now!</a>